| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,387,121 | C→T | 5.8% | A833T (GCT→ACT) | yhdP ← | DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,387,121 | 0 | C | T | 5.8% | 1051.0 / 34.3 | 298 | A833T (GCT→ACT) | yhdP | DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (109/169); new base T (13/4); total (124/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.96e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CACCATTCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGTCGCACC > CP009273/3386974‑3387268 | cACCATTCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGTCt > 2:5011518/1‑150 (MQ=255)cACCATTCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCt < 1:2582609/150‑1 (MQ=255) aCCATTCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTg < 1:1288526/150‑1 (MQ=255) aTTCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTcc < 2:2038916/150‑1 (MQ=255) ttCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCg > 2:4758326/1‑150 (MQ=255) tCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCgg < 2:4546723/150‑1 (MQ=255) aTCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACTGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGATTTTGACCGATCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGACTGACCgcta > 2:2759933/1‑147 (MQ=255) aTCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCATCCTGTCCGGtt > 1:3124187/1‑150 (MQ=255) ggcggcATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAAt > 1:4525904/1‑150 (MQ=255) gcggcATATTGATTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAAtt < 2:3245981/150‑1 (MQ=255) gcggcATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAAtt < 2:2014279/150‑1 (MQ=255) ggcATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCCGCGGCTCTTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCa > 2:3645679/1‑150 (MQ=255) gcATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCaa < 2:792692/150‑1 (MQ=255) atatTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAg < 1:4334622/150‑1 (MQ=255) atatTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAg > 2:1012426/1‑150 (MQ=255) tatTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCTACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGc < 1:4040369/150‑1 (MQ=255) ttGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTg > 2:4616768/1‑150 (MQ=255) tGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGt > 2:1821380/1‑150 (MQ=255) 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tATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTtat > 1:4580287/1‑150 (MQ=255) tATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTtat < 1:2381420/150‑1 (MQ=255) aTCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTtata < 1:2823469/150‑1 (MQ=255) tCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAg < 2:2509776/150‑1 (MQ=255) tCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAg > 1:4752557/1‑150 (MQ=255) 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aGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGTCGCAcc > 2:2070508/1‑150 (MQ=255) aGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGTCGCAcc > 2:700085/1‑150 (MQ=255) | CACCATTCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGTCGCACC > CP009273/3386974‑3387268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |