| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,504,812 | C→T | 6.2% | E298K (GAA→AAA) | yhfZ ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,504,812 | 0 | C | T | 6.2% | 1021.6 / 37.1 | 288 | E298K (GAA→AAA) | yhfZ | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (134/136); new base T (12/6); total (146/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
TCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGC > CP009273/3504663‑3504960 | tCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTc < 2:81274/150‑1 (MQ=255) cACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTcc > 1:3335811/1‑150 (MQ=255) cACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTcc < 2:2112699/150‑1 (MQ=255) aCTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTTCt > 1:783786/1‑150 (MQ=255) aCTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCt < 1:4468327/150‑1 (MQ=255) tGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGt > 2:2347902/1‑150 (MQ=255) gcgcACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGtt > 2:4055268/1‑150 (MQ=255) gcgcACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGtt < 2:4878653/150‑1 (MQ=255) 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ggTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACgg > 1:5183195/1‑150 (MQ=255) tCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTc > 2:4610354/1‑150 (MQ=255) ccATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCg < 1:217221/150‑1 (MQ=255) ccATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCg < 1:2256229/150‑1 (MQ=255) cATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCgg > 1:4325885/1‑150 (MQ=255) atatCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGt > 1:1811326/1‑150 (MQ=255) tatCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTg > 1:482007/1‑150 (MQ=255) aGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCCCTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCt < 2:3336510/150‑1 (MQ=255) aTGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCTCGTCAGGACCACGGCTTAGGTGGCCTGt > 2:2035332/1‑150 (MQ=255) ccTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTaaa > 1:3419950/1‑150 (MQ=255) cTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGGTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTaaaa > 1:836889/1‑150 (MQ=255) tCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTCAAAATc > 2:5042141/1‑150 (MQ=255) tCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATc < 2:4351806/150‑1 (MQ=255) cGTTTAATAACTCGGTTTCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATcg < 2:1493946/150‑1 (MQ=255) gTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATcgc > 1:3192496/1‑150 (MQ=255) aataaCTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGAt > 1:1562081/1‑150 (MQ=255) aataaCTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGAt > 2:1244967/1‑150 (MQ=255) taaCTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCg > 1:3942018/1‑150 (MQ=255) taaCTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCg > 1:1323220/1‑150 (MQ=255) aCTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGGTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTc < 1:55394/150‑1 (MQ=255) cGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCtgt > 2:3300651/1‑150 (MQ=255) gTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGa < 2:4768977/150‑1 (MQ=255) | TCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGC > CP009273/3504663‑3504960 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |