| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 301,808 | C→A | 6.8% | E241* (GAA→TAA) | ecpD ← | polymerized tip adhesin of ECP fibers |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 301,808 | 0 | C | A | 6.8% | 1046.1 / 38.5 | 280 | E241* (GAA→TAA) | ecpD | polymerized tip adhesin of ECP fibers |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (118/143); new base A (8/11); total (126/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
GGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGGGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCGAGTGGGTATTTATCAACCGTAGATTTGCTGCTTTCGTATGGGTGACGTTGCGAACATACCAGTTGCCGGAGGCCTGATCCTTACAGCGTGCGCCGCTGCTGG > CP009273/301659‑301957 | ggCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGACTATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGGGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTc > 2:3343887/1‑150 (MQ=255) gAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGGGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGccc < 2:1787998/150‑1 (MQ=255) aaCGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATTGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGGGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTc < 1:5232751/150‑1 (MQ=255) 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gacgaGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGGGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGt > 2:3401583/1‑150 (MQ=255) tcttgTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGGGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGACCGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTa < 2:3119676/146‑1 (MQ=255) acgaGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGGGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTa < 2:3119523/150‑1 (MQ=255) gaGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGGGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACt < 2:1768876/150‑1 (MQ=255) gaGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGGGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACt < 1:1535060/150‑1 (MQ=255) 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ccTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCGAGTGGGTATTTATCAACCGTAGATTTGCTGCTTTCGTATGGGTGACGTTGCGAACa < 1:381063/150‑1 (MQ=255) cTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCGAGTGGGTATTTATCAACCGTAGATTTGCTGCTTTCGTATGGGTGACGTTGCGAACAt < 1:2295724/150‑1 (MQ=255) aaCGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCGAGTGGGTATTTATCAACCGTAGATTTGCTGCTTTCGTATGGGTGACGTTGCGAACATAcc > 2:2645968/1‑150 (MQ=255) aaCGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCGAGTGGGTATTTATCAACCGTAGATTTGCTGCTTTCGTATGGGTGACGTTGCGAACATAcc > 1:3783529/1‑150 (MQ=255) cGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCGAGTGGGTATTTATCAACCGTAGATTTGCTGCTTTCGTATGGGTGACGTTGCGAACATACCAg < 1:1083962/150‑1 (MQ=255) 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cTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCGAGTGGGTATTTATCAACCGTAGATTTGCTGCTTTCGTATGGGTGACGTTGCGAACATACCAGTTGCCGGAGGCCTGATCCTTACAGCGTGCGCCgctgc < 1:668272/150‑1 (MQ=255) tCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCGAGTGGGTATTTATCAACCGTAGATTTGCTGCTTTCGTATGGGTGACGTTGCGAACATACCAGTTGCCGGAGGCCTGATCCTTACAGCGTGCGCCGctgctg < 1:3343657/150‑1 (MQ=255) | GGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGGGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCGAGTGGGTATTTATCAACCGTAGATTTGCTGCTTTCGTATGGGTGACGTTGCGAACATACCAGTTGCCGGAGGCCTGATCCTTACAGCGTGCGCCGCTGCTGG > CP009273/301659‑301957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |