| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,609,368 | T→A | 5.6% | F256L (TTT→TTA) | nikB → | nickel transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,609,368 | 0 | T | A | 5.6% | 1285.5 / 51.7 | 374 | F256L (TTT→TTA) | nikB | nickel transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (156/194); new base A (7/14); total (163/211) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
CACGTCACCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCAT > CP009273/3609219‑3609517 | cacgtcacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCttt < 2:1685672/150‑1 (MQ=255)cacgtcacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCttt < 2:380861/150‑1 (MQ=255) cgtcacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGc < 1:1083370/150‑1 (MQ=255) 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cTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCg < 2:1326991/150‑1 (MQ=255) gAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTGGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGgt < 2:2276350/150‑1 (MQ=255) cGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTAGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTc < 1:615028/150‑1 (MQ=255) cGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATACTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTAGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTc < 1:3242175/150‑1 (MQ=255) gACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCg < 2:4219982/150‑1 (MQ=255) 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caTCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATcc < 1:748829/150‑1 (MQ=255) caTCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATcc > 2:2595081/1‑150 (MQ=255) tCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCgg < 2:4744323/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGt < 2:71737/150‑1 (MQ=255) ccTCCGCAAGGCCTCGCAGCCGTCGCTCCCCGCCGAGGGGATGCTGAGCCGCGCACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCATTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGt < 2:2821995/150‑1 (MQ=255) 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tCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCcgc > 1:2991137/1‑150 (MQ=255) tGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCAt < 1:4537916/150‑1 (MQ=255) | CACGTCACCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCAT > CP009273/3609219‑3609517 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |