| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,635,421 | C→T | 7.0% | G400G (GGC→GGT) | dtpB → | dipeptide and tripeptide permease B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,635,421 | 0 | C | T | 7.0% | 1098.6 / 47.3 | 316 | G400G (GGC→GGT) | dtpB | dipeptide and tripeptide permease B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (124/170); new base T (10/12); total (134/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
CTCGGCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTGAGAC > CP009273/3635272‑3635570 | ctcGGCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGc < 1:834326/150‑1 (MQ=255) tcGGCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGcc < 1:4844848/150‑1 (MQ=255) tcGGCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGcc > 1:1662715/1‑150 (MQ=255) 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tttATGTGCTCACGGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCgatg < 1:4047419/150‑1 (MQ=255) tATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCgatgat < 2:410038/150‑1 (MQ=255) tgtgCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATtg < 2:4450462/150‑1 (MQ=255) gtgCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGTCTGGCGATGATtgc > 1:2114369/1‑150 (MQ=255) gtgCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATtgc > 1:615156/1‑150 (MQ=255) 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ttGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCgcag < 1:4545901/150‑1 (MQ=255) tGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCgcagc < 2:1174851/150‑1 (MQ=255) aCGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCAt < 2:4024948/150‑1 (MQ=255) ggcggcAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTACAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCAttt < 1:4959382/150‑1 (MQ=255) gcAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGTCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATg < 1:4134364/150‑1 (MQ=255) 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aaCTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGaca < 2:3719618/150‑1 (MQ=255) aaCTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGaca < 2:4244665/150‑1 (MQ=255) tattaGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTAc < 1:4816863/150‑1 (MQ=255) attaGCGCCCTTGGTCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTAcc < 1:4364843/150‑1 (MQ=255) attaGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCTTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTAcc > 1:2492822/1‑150 (MQ=255) attaGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTAcc < 2:918527/150‑1 (MQ=255) attaGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTAcc > 2:2663896/1‑150 (MQ=255) ccTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCt < 1:3447509/150‑1 (MQ=255) cTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCtt > 2:2165952/1‑150 (MQ=255) ttGGTCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTg < 1:1922896/150‑1 (MQ=255) ttGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTg < 2:1531367/150‑1 (MQ=255) tGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTga > 1:2804801/1‑150 (MQ=255) ggCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTgag > 1:338498/1‑150 (MQ=255) ggCCTGGCGATGATTGATGCACTGGTCCCGCAGCATTAGATGGGATTTATTCTCGGCATGTGGTTCCTCACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCAGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGACGTGACGCACAACATTACCGATCCGCTTgag > 1:2976161/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTgaga < 1:8598/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTGAGAc < 1:3173005/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTGAGAc > 2:146355/1‑150 (MQ=255) | CTCGGCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTGAGAC > CP009273/3635272‑3635570 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |