| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,830,134 | A→G | 5.9% | intergenic (+218/‑179) | yicT → / → setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,830,134 | 0 | A | G | 5.9% | 1094.7 / 38.5 | 319 | intergenic (+218/‑179) | yicT/setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (153/147); new base G (10/9); total (163/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |