Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,837,177 | C→T | 30.2% | intergenic (‑28/‑147) | yicO ← / → ade | putative adenine permease/cryptic adenine deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,837,177 | 0 | C | T | 30.2% | 587.2 / inf | 368 | intergenic (‑28/‑147) | yicO/ade | putative adenine permease/cryptic adenine deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (106/151); new base T (57/54); total (163/205) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.63e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.29e-01 |
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
AAAAAAGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAATTGATAAAATCAAAATGAGAAAAATAT > CP009273/3837028‑3837325 | aaaaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATcc < 2:3325245/150‑1 (MQ=255) aaaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATtcc < 1:2515016/150‑1 (MQ=255) aaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCtt < 2:1086497/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |