| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,912,648 | A→T | 8.5% | G190G (GGT→GGA) | atpA ← | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,912,648 | 0 | A | T | 8.5% | 1157.9 / 67.6 | 337 | G190G (GGT→GGA) | atpA | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (144/164); new base T (16/13); total (160/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
TACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTACCGGCTGATCTACGGA > CP009273/3912499‑3912797 | aCGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATAc < 1:2730190/150‑1 (MQ=255) aCGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATAc < 1:4344005/150‑1 (MQ=255) tGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGa > 2:924647/1‑150 (MQ=255) ccAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAAt < 1:4187706/150‑1 (MQ=255) tATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATTCCGGAATCgcgc > 1:525704/1‑150 (MQ=255) ttGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTg > 1:672604/1‑150 (MQ=255) cagtgcagCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATTCCGGAATCGCGCTGGtt > 2:1188200/1‑150 (MQ=255) agtgcagCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTtg < 1:2028171/150‑1 (MQ=255) tgcagCGGATTCAGTCGCGGTTGCTACCACTACGATGGTGTTAGCGAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTTCCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATTGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTtgat < 2:2655052/150‑1 (MQ=255) tgcagCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTtgat < 2:2655685/150‑1 (MQ=255) cagCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACATCGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTtgatga < 2:5059290/150‑1 (MQ=255) agCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACACCGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTCCCCCGGTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATCGAGACCTGTGATACCGGAATCGCGCTGGTGgatgat > 2:2740997/1‑150 (MQ=255) agCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTgatgat > 2:1234407/1‑150 (MQ=255) ggATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGc > 1:3111387/1‑150 (MQ=255) ggATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGc > 1:2448333/1‑150 (MQ=255) gATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCa < 1:3498718/150‑1 (MQ=255) aTTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCAt < 1:2153909/150‑1 (MQ=255) tCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATTCCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCg < 2:4678542/150‑1 (MQ=255) 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aCGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAg < 1:4966573/150‑1 (MQ=255) cgGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCa > 1:4391217/1‑150 (MQ=255) tGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGc > 2:479361/1‑150 (MQ=255) aCCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCTATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGtt > 2:4522917/1‑150 (MQ=255) acaACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTa < 2:1327322/150‑1 (MQ=255) caACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTAc > 2:4288862/1‑150 (MQ=255) aaCGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTAcc < 1:905512/150‑1 (MQ=255) aCGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATTCCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCt < 1:4000107/150‑1 (MQ=255) gATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGt > 1:4514000/1‑150 (MQ=255) ggTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTg > 2:404554/1‑150 (MQ=255) gtTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTGTTACCTGTCTGACg > 2:1697682/1‑150 (MQ=255) cAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCAcc < 1:4787700/150‑1 (MQ=255) cAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCAcc > 2:3029405/1‑150 (MQ=255) aGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGACAGTGCGGTTTTGCCTGTCTGACGGTCACCg > 2:3147530/1‑150 (MQ=255) tGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCgat > 1:1838093/1‑150 (MQ=255) tGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCgat > 1:2832157/1‑150 (MQ=255) cgcCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCgatga > 2:1988891/1‑150 (MQ=255) cgcCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCgatga > 2:5219987/1‑150 (MQ=255) cGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCa > 1:659800/1‑150 (MQ=255) gTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCaa > 1:2189799/1‑150 (MQ=255) 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tttACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGAcc < 1:5178786/150‑1 (MQ=255) ttACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCa < 1:1400572/150‑1 (MQ=255) tACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGAcc > 2:4520519/1‑150 (MQ=255) tACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGAcc < 1:2505628/150‑1 (MQ=255) aCCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCg > 2:558742/1‑150 (MQ=255) ccACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGa > 2:330025/1‑150 (MQ=255) aCGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGAtt < 1:2576214/150‑1 (MQ=255) cGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTg < 2:417774/150‑1 (MQ=255) gTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTgg < 2:419511/150‑1 (MQ=255) aGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGAt > 1:5120133/1‑150 (MQ=255) 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gaaaTAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTg < 1:3541149/147‑1 (MQ=255) gACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTg > 2:5104881/1‑150 (MQ=255) cATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTa > 1:4745465/1‑150 (MQ=255) tAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTAcc > 2:3732768/1‑150 (MQ=255) tAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTAcc < 2:288415/150‑1 (MQ=255) tAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTAcc < 2:286722/150‑1 (MQ=255) aGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTACCg > 1:705253/1‑150 (MQ=255) aTACATTTGATTCCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTACCGGc > 2:2419919/1‑150 (MQ=255) tACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTACCGGCt < 2:2764369/150‑1 (MQ=255) tGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATACCCGGTCTGTACCGGCTGATCTa < 2:5130120/150‑1 (MQ=255) aTACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATAAATTCACGCTGACCTCGACCGATTGGGATCATGGAGTCTACTGCTTTATAACAGGTCTGTACCGGCTGATCTACg < 2:831600/150‑1 (MQ=255) tACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTACCGGCTGATCTACgg < 2:3074068/150‑1 (MQ=255) | TACGGTGCCAGGTATTGCAGTGCAGCGGATTCAGACGCGGTTGCTACCACAACGATGGTGTTAGCCAGTGCGCCGTGCTCTTCCAGTTTACGTACCACGTTAGAAATGGTGGACGCTTTCTGGCCGATAGCGACATAGATACATTTGATACCGGAATCGCGCTGGTTGATGATGGCATCGATAGCCAGTGCGGTTTTACCTGTCTGACGGTCACCGATGATCAATTCACGCTGACCACGACCGATTGGGATCATGGAGTCAACGGCTTTATAACCGGTCTGTACCGGCTGATCTACGGA > CP009273/3912499‑3912797 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |