| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,064,048 | T→G | 8.0% | N357H (AAT→CAT) | yihS ← | aldose‑ketose isomerase; D‑mannose isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,064,048 | 0 | T | G | 8.0% | 877.3 / 57.5 | 297 | N357H (AAT→CAT) | yihS | aldose‑ketose isomerase; D‑mannose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (138/134); new base G (11/14); total (149/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
ACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACGTACACGTTCGCGGACCACCGGTT > CP009273/4063899‑4064197 | aCCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCAtt > 1:4044887/1‑150 (MQ=255) cccGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCAttt < 2:5016083/150‑1 (MQ=255) gCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCa < 1:495911/150‑1 (MQ=255) 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aTTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGTCGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACGTACACGGTCGCGGACCACCgg > 2:3082729/1‑150 (MQ=255) tttCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACGTACACGTTCGCGGACCACCGGtt > 1:2416506/1‑150 (MQ=255) | ACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACGTACACGTTCGCGGACCACCGGTT > CP009273/4063899‑4064197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |