| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,271,152 | G→T | 10.4% | M415I (ATG→ATT) | yjcE → | putative cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,271,152 | 0 | G | T | 10.4% | 1255.3 / 86.1 | 360 | M415I (ATG→ATT) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (163/159); new base T (8/30); total (171/189) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 363 total aligned reads displayed.
TCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTCGCGGATCATTCGCAACAATTGAAAGAGGAACGTATTGCGCGAGCGGCAACGGCAGAAGTGGCGATTGTGGCGATCCAGAAAATGGAGGAGCGTCTGGCGGCGGATACCGAAGAGAATAT > CP009273/4271004‑4271301 | ggggTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCt > 1:4705741/1‑150 (MQ=255) ggggTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCt > 2:3027177/1‑150 (MQ=255) ggggTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCCATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCt > 2:1319511/1‑150 (MQ=255) gTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTAtt > 1:5116934/1‑150 (MQ=255) tGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCt < 1:4435831/150‑1 (MQ=255) ggCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATTTTGCCTATTCTGCTaca < 2:4778596/150‑1 (MQ=255) gATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTacaaca < 1:2148666/150‑1 (MQ=255) gATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTacaaca > 2:5125625/1‑150 (MQ=255) cACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACAt > 1:3405831/1‑150 (MQ=255) ctctGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTg > 1:4073827/1‑150 (MQ=255) tctGGCCGGTGTGCTCTCTAGCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATTTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGa < 2:4495037/150‑1 (MQ=255) gtGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCGTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGTTTTTGCCTATTCTGCTACAACCCATTGaa < 2:4367784/149‑1 (MQ=255) tGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAg < 1:2048240/150‑1 (MQ=255) tGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAg > 1:4574894/1‑150 (MQ=255) gCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTGGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATTTTGCCTATTCTGCTACAACTCATTGAAGTc < 1:4636836/150‑1 (MQ=255) gCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTc > 2:5222215/1‑150 (MQ=255) ccGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAGGTcg < 1:4102877/150‑1 (MQ=255) ggTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTcgcg > 2:3909066/1‑150 (MQ=255) ggTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTcgcg < 1:3332354/150‑1 (MQ=255) tgtgCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTCGCGGa > 2:3654293/1‑150 (MQ=255) tgtgCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTCGCGGa > 1:285054/1‑150 (MQ=255) tgtgCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTCGCGGa > 1:4819425/1‑150 (MQ=255) gtgCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTCGCGGAt > 1:925354/1‑150 (MQ=255) 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tATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTCGCGGATCATTCGca > 1:1739737/1‑150 (MQ=255) ctgctCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTCGCGGATCATTCGCAACAATTg < 1:4514457/150‑1 (MQ=255) ctgctCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTCGCGGATCATTCGCAACAATTg < 1:2933199/150‑1 (MQ=255) tgctCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTCGCGGATCATTCGCAACAATTGa < 2:1700610/150‑1 (MQ=255) tctTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGTGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTCGCGGATCATTCGCAACAATTGAAag < 2:5046227/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |