| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,470,017 | G→A | 69.6% | M157I (ATG→ATA) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,470,017 | 0 | G | A | 69.6% | 442.5 / 288.3 | 304 | M157I (ATG→ATA) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/56); new base A (123/88); total (159/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATGGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGTTGGTATTGTTTCCATTGGTATTTTTAATGGTACTTTATATAGTCTGGTAATGAGTTTTCTCTG > CP009273/4469869‑4470166 | tGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATgg < 1:4914619/150‑1 (MQ=255) tttGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGTCAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGAc > 2:3375351/1‑150 (MQ=255) tttGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATGGGGAc < 2:5018298/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |