Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,601,014 | T→C | 21.7% | intergenic (+194/‑199) | prfC → / → osmY | peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,601,014 | 0 | T | C | 21.7% | 664.7 / 193.5 | 304 | intergenic (+194/‑199) | prfC/osmY | peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (120/118); new base C (25/41); total (145/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.42e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
CCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGATTGTCATTCTACCGATATTAATAACTGATTCAGAGGCTGTAATGGTCGTTATTCATCACTCATCGCTTTTGTGATGGCGACCATTGACTTCTGTAGAGGGTGAAGTCTCTCCCTATTCAGCAATGCAA > CP009273/4600865‑4601163 | ttccttATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTAACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGacat > 1:2329088/1‑150 (MQ=255) cttATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCATTGCGAAGATATCat > 2:2778379/1‑149 (MQ=255) cttATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAg < 2:5184167/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |