| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 359,028 | C→A | 6.1% | pseudogene (1039/1125 nt) | lacZ ← | pseudogene, truncated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 359,028 | 0 | C | A | 6.1% | 1056.0 / 32.9 | 278 | pseudogene (1039/1125 nt) | lacZ | pseudogene, truncated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (134/127); new base A (14/3); total (148/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-02 | |||||||||||
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Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
AAATAGTACATAATGGATTTCCTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAGATGGCGATGGCTGGTTTCCATCAGTTGCTGTTGACTGTAGCGGCTGATGTTGAACTGGAAGTCGCCGCGCCACTGGTGTGGGCCAT > CP009273/358880‑359177 | aTAGTACATAATGGATTTCCTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGcc > 2:218549/1‑150 (MQ=255) aGTACATAATGGATTTCCTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACAAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGATCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGATCCAGGAGTCGTCGccac > 1:801245/1‑150 (MQ=255) tACATAATGGATTTCCTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGccacca > 1:4258653/1‑150 (MQ=255) tACATAATGGATTTCCTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGccacca > 1:1649844/1‑150 (MQ=255) cATAATGGATTTCCTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAAt < 1:864491/150‑1 (MQ=255) aaTGGATTTCCTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATCCTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATccc > 2:1231736/1‑150 (MQ=255) gATTTCCTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCata > 1:4216712/1‑150 (MQ=255) aTTTCCTTACGCGAAATTCGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCatat > 2:4840940/1‑150 (MQ=255) tttCCTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATg > 1:1488226/1‑150 (MQ=255) tgtCCTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATg < 2:1456014/148‑1 (MQ=255) tCCTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGACTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGa < 2:4910668/150‑1 (MQ=255) ccTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGaa > 1:4906001/1‑150 (MQ=255) ccTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGaa > 1:5228469/1‑150 (MQ=255) 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cGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCcgc > 2:3766570/1‑150 (MQ=255) ttattattaTTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTg < 1:2736820/150‑1 (MQ=255) attattattTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTgca > 2:1812441/1‑150 (MQ=255) attattattTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTgca > 1:4188898/1‑150 (MQ=255) attattTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTgcagca > 2:4457063/1‑150 (MQ=255) 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ttGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAgatggcg > 1:1734348/1‑150 (MQ=255) acacCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAgatggcgatg < 1:109350/150‑1 (MQ=255) acacCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAgatggcgatg > 2:502721/1‑150 (MQ=255) acacCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAgatggcgatg < 2:3912783/150‑1 (MQ=255) acacCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAgatggcgatg > 1:3959945/1‑150 (MQ=255) 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tCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAGATGGCGATGGCTGGTTTCCATCAGTTGCTGTTGACTGTAGCGGCTGATGTTGAACTGGAAGTCGCCGCGCCACt < 1:3883406/150‑1 (MQ=255) tCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAGATGGCGATGGCTGGTTTCCATCAGTTGCTGTTGACTGTAGCGGCTGATGTTGAACTGGAAGTCGCCGCGCCACt < 2:2016428/150‑1 (MQ=255) tCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAGATGGCGATGGCTGGTTTCCATCAGTTGCTGTTGACTGTAGCGGCTGATGTTGAACTGGAAGTCGCCGCGCCACt < 2:3228200/150‑1 (MQ=255) cAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAGATGGCGATGGCTGGTTTCCATCAGTTGCTGTTGACTGTAGCGGCTGATGTTGAACTGGAAGTCGCCGCGCCACTgg > 1:3810275/1‑150 (MQ=255) aGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAGATGGCGATGGCTGGTTTCCATCAGTTGCTGTTGACTGTAGCGGCTGATGTTGAACTGGAAGTCGCCGCGCCACTGgt > 2:134649/1‑150 (MQ=255) 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tcgCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAGATGGCGATGGCTGGTTTCCATCAGTTGCTGTTGACTGTAGCGGCTGATGTTGAACTGGAAGTCGCCGCGCCACTGGTGTGGGCCa < 1:112401/150‑1 (MQ=255) cgCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAGATGGCGATGGCTGGTTTCCATCAGTTGCTGTTGACTGTAGCGGCTGATGTTGAACTGGAAGTCGCCGCGCCACTGGTGTGGGCCAt > 2:4095575/1‑150 (MQ=255) | AAATAGTACATAATGGATTTCCTTACGCGAAATACGGGCAGACATGGCCTGCCCGGTTATTATTATTTTTGACACCAGACCAACTGGTAATGGTAGCGACCGGCGCTCAGCTGGAATTCCGCCGATACTGACGGGCTCCAGGAGTCGTCGCCACCAATCCCCATATGGAAACCGTCGATATTCAGCCATGTGCCTTCTTCCGCGTGCAGCAGATGGCGATGGCTGGTTTCCATCAGTTGCTGTTGACTGTAGCGGCTGATGTTGAACTGGAAGTCGCCGCGCCACTGGTGTGGGCCAT > CP009273/358880‑359177 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |