| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 401,729 | G→A | 6.0% | intergenic (+51/‑132) | yaiI → / → aroL | UPF0178 family protein/shikimate kinase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 401,729 | 0 | G | A | 6.0% | 1060.2 / 35.1 | 301 | intergenic (+51/‑132) | yaiI/aroL | UPF0178 family protein/shikimate kinase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (142/140); new base A (10/8); total (152/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
CAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACGATGACACAACCTCTTTTT > CP009273/401580‑401878 | ccGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGgt < 1:2758637/150‑1 (MQ=255) ggcggACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGgtgt < 1:2917998/150‑1 (MQ=255) ggcggACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAAGGgtgt > 2:3000699/1‑150 (MQ=255) ggACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTAtt < 2:2182301/150‑1 (MQ=255) ggACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTAtt > 2:2425911/1‑150 (MQ=255) gACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTg > 2:2958203/1‑150 (MQ=255) aGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAt > 1:4695127/1‑150 (MQ=255) aGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAt > 2:1967839/1‑150 (MQ=255) gATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAtt > 1:3090943/1‑150 (MQ=255) aTAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAttt > 1:2263680/1‑150 (MQ=255) tAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAtttt < 1:910074/150‑1 (MQ=255) aGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTc < 1:2335202/150‑1 (MQ=255) aGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGGATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTc > 1:1468594/1‑150 (MQ=255) aGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAAGATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTc > 1:5240363/1‑150 (MQ=255) gCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAAGGGTGTATTGAGATTTTCa < 1:2964191/150‑1 (MQ=255) cTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAATTGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAAGGGTGTATTGAGATTTTCACt < 1:1594687/150‑1 (MQ=255) cTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACt < 1:2370693/150‑1 (MQ=255) tttCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACtt < 2:42920/150‑1 (MQ=255) cacaACGTGACCGCCTGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGGGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAAATTATTATTTACACTTCATTCTTGACTATTTATTGGTATAGTAAAGGGTGTATTGAGATTTTCACtatac < 2:2197130/150‑2 (MQ=255) aCGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTgg < 2:1537096/150‑1 (MQ=255) aCGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTgg < 1:1269547/150‑1 (MQ=255) gTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGaa < 1:1946581/150‑1 (MQ=255) gTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGaa > 2:4953982/1‑150 (MQ=255) aCCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAAttt > 2:1651304/1‑150 (MQ=255) aCCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAAtgt > 2:4129125/1‑148 (MQ=255) cAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCt > 2:4583111/1‑150 (MQ=255) cAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCt > 2:744701/1‑150 (MQ=255) aGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCtt > 1:862152/1‑150 (MQ=255) gCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTa < 2:3863903/150‑1 (MQ=255) gCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTa > 2:3590942/1‑150 (MQ=255) ccTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTAc < 1:5147649/150‑1 (MQ=255) cTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACa > 1:484409/1‑150 (MQ=255) tGCCGCGGATCTTGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTCATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTTTTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATc < 1:4160733/150‑1 (MQ=255) cgGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAAt < 1:3676542/150‑1 (MQ=255) ggAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAAtt < 1:994072/150‑1 (MQ=255) ggAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAAtt > 2:2528068/1‑150 (MQ=255) gAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGTCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTg < 2:1466907/150‑1 (MQ=255) aGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATAGAAATTGt > 2:3525585/1‑150 (MQ=255) cTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTAc < 1:4783217/150‑1 (MQ=255) tGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACt < 1:4340697/150‑1 (MQ=255) tGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACt < 1:639664/150‑1 (MQ=255) tGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATAATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGTTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTTTaat > 2:1132196/1‑148 (MQ=255) gagaAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAg < 1:3240802/150‑1 (MQ=255) agaAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGt < 1:1991028/150‑1 (MQ=255) gaAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGtt < 2:2260743/150‑1 (MQ=255) gtggtgGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGa < 1:2851540/150‑1 (MQ=255) tggtggCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGAt > 1:2297802/1‑150 (MQ=255) tggtggCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAGTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAAGTGGACTAGTTTGAt > 2:138589/1‑150 (MQ=255) gtggCTGGAAGTGCACCGTAGTCGAGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATgg < 2:4226432/150‑1 (MQ=255) tggCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGt > 2:1732526/1‑150 (MQ=255) gCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTTATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTAt < 2:4549948/150‑1 (MQ=255) gCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTAt < 1:4570727/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATg < 1:2494871/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATg > 2:394842/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATg < 2:1086477/150‑1 (MQ=255) aaGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTAAAATCGAAATTGTACTATTTTGATGGTATGATCg > 1:694393/1‑150 (MQ=255) gTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGAACGCt > 1:212057/1‑150 (MQ=255) tGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTa > 1:3458053/1‑150 (MQ=255) cAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTAtt > 1:4491146/1‑150 (MQ=255) aaCGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATtc > 1:549851/1‑150 (MQ=255) aCGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATtct < 2:4648292/150‑1 (MQ=255) aCGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAAGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATtct < 1:1655291/150‑1 (MQ=255) gTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCa > 1:107464/1‑150 (MQ=255) tAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCAt < 2:1428001/150‑1 (MQ=255) aGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAAGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATg > 1:3545900/1‑150 (MQ=255) tCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATgtc < 2:3278471/150‑3 (MQ=255) ggCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCg > 1:3991612/1‑150 (MQ=255) ggCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTACTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCg < 2:4718536/150‑1 (MQ=255) tAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCt > 1:5065564/1‑150 (MQ=255) aaTGTAATTTATTATTTACACTTCCTTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCttt < 1:3120469/150‑1 (MQ=255) aTGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTc < 2:554217/150‑1 (MQ=255) aTGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTGATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTc < 2:230969/150‑1 (MQ=255) tGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTcg > 1:2702088/1‑150 (MQ=255) aaTTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTcgccg > 1:3031328/1‑150 (MQ=255) ttattaTTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCAt < 2:2006698/150‑1 (MQ=255) tattatTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCAtt > 1:1506297/1‑150 (MQ=255) tattatTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCAtt > 1:4114289/1‑150 (MQ=255) attattTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTg > 1:3609107/1‑150 (MQ=255) tttACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGAc > 2:4787335/1‑150 (MQ=255) cTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTg < 1:2746470/150‑1 (MQ=255) cTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTg < 1:4000402/150‑1 (MQ=255) cATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATAgggg > 2:4658409/1‑150 (MQ=255) aTTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGa < 1:2068913/150‑1 (MQ=255) ttCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGaa > 2:3069311/1‑150 (MQ=255) cTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGaaaa < 1:180945/150‑1 (MQ=255) aaTATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCa > 2:527062/1‑150 (MQ=255) aaTATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCa < 2:321601/150‑1 (MQ=255) tatttattGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACg < 1:1133064/150‑1 (MQ=255) tattgattGGTATAGCAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTCAGTGGAATTTTGTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGAGGGTATGATCGCTAGTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTAGTGGGGAAAACCCACg < 2:3640312/150‑1 (MQ=255) atttattGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTAAAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCTCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACGa > 2:4440151/1‑150 (MQ=255) atatattGGTATCGTAAGGGGTGTATTGAGAAATTCACTTTAAGTGGAAAATTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACATGCTTTCGCCGCATTGCGACCTCTTGGGGAAAacacacta > 2:4822029/4‑148 (MQ=255) tattGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACGATGa > 2:1828374/1‑150 (MQ=255) attGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACGATGac < 2:2749786/150‑1 (MQ=255) tGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACGATGacac < 1:1352258/150‑1 (MQ=255) tGGTATAGTAAAGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACACACGATGacac > 2:5072843/1‑150 (MQ=255) gTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACGATGACACaa > 2:4840476/1‑150 (MQ=255) tataGTAAGGGGTTTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACGATGACACAAc < 2:2372860/150‑1 (MQ=255) aaGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACGATGACACAACCTCttt > 1:1025074/1‑150 (MQ=255) aGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACGATGACACAACCTCtttt > 1:3841605/1‑150 (MQ=255) ggggTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACGATGACACAACCTCttttt > 2:3019810/1‑150 (MQ=255) | CAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACGATGACACAACCTCTTTTT > CP009273/401580‑401878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |