Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 435,336 | G→T | 49.8% | Q100K (CAG→AAG) | dxs ← | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase, thiamine triphosphate‑binding, FAD‑requiring |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 435,336 | 0 | G | T | 49.8% | 65.6 / inf | 279 | Q100K (CAG→AAG) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase, thiamine triphosphate‑binding, FAD‑requiring |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/76); new base T (73/65); total (138/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GACACAGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGAGGCG > CP009273/435187‑435484 | gACACAGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTg > 1:3385804/1‑150 (MQ=255) cacaGACGGTGCGGCGATTTTTGGCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGAc < 1:4407849/150‑1 (MQ=255) acaGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACg > 2:5125545/1‑150 (MQ=255) acaGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACg < 2:13510/150‑1 (MQ=255) acaGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACg < 2:3465142/150‑1 (MQ=255) caGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACgg < 2:4608895/150‑1 (MQ=255) caGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACgg > 2:2886473/1‑150 (MQ=255) gTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCTATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTg < 2:3502946/150‑1 (MQ=255) 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aattttGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGATTGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGAtttt < 1:4545497/148‑1 (MQ=255) tttGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGATTGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTc < 1:3840642/150‑1 (MQ=255) tGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTcgc < 1:2419116/150‑1 (MQ=255) gCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTcgcg > 2:74491/1‑150 (MQ=255) cttcttTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCgcggc < 2:5240213/150‑1 (MQ=255) 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gcaACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAAtt < 2:950890/150‑1 (MQ=255) caACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAAttt < 1:4936034/150‑1 (MQ=255) caACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAAttt < 2:2282017/150‑1 (MQ=255) aaCCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAAtttt > 2:3870833/1‑150 (MQ=255) aaCCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGACCGGTCAAAAtttt > 1:315807/1‑150 (MQ=255) 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atatTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGAc < 2:5077240/150‑1 (MQ=255) tatTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACa < 1:3516167/150‑1 (MQ=255) atTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACAt > 2:2301613/1‑150 (MQ=255) ttCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATa < 1:3617933/150‑1 (MQ=255) ttCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATa > 1:477051/1‑150 (MQ=255) cGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGt < 2:3713069/150‑1 (MQ=255) cGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGt > 1:3226287/1‑150 (MQ=255) gCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTg < 2:4555059/150‑1 (MQ=255) ttCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAg > 2:220492/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAg < 1:1946769/150‑1 (MQ=255) ttCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAg < 1:4155026/150‑1 (MQ=255) ggAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGtt > 2:1779750/1‑150 (MQ=255) gAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTc > 2:4376771/1‑150 (MQ=255) cGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGAc > 1:3995531/1‑150 (MQ=255) ggTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCg < 1:5086339/150‑1 (MQ=255) 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ttCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTC‑AAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGAgg < 1:331225/150‑1 (MQ=255) tGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGAGGCg < 2:923134/150‑1 (MQ=255) | GACACAGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGAGGCG > CP009273/435187‑435484 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |