Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,587,029:1 | +G | 80.7% | coding (101/699 nt) | ypfH ← | palmitoyl‑CoA esterase activity, uncertain physiological substrate |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,587,029 | 1 | . | G | 80.7% | 1026.5 / 273.5 | 322 | coding (101/699 nt) | ypfH | palmitoyl‑CoA esterase activity, uncertain physiological substrate |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (24/38); new base G (114/146); total (138/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.13e-01 |
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
TGATCGCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTAATTTTACGCCGCTGACTCACAAT > CP009273/2586880‑2587178 | aTCGCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTAtttgc > 1:4876843/1‑148 (MQ=255) aTCGCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTAtttgc > 1:2049260/1‑148 (MQ=255) cGCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑gccc < 1:3110592/150‑1 (MQ=255) cATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑gccccc < 2:1512013/150‑2 (MQ=255) cacaCGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTg < 1:2944303/150‑1 (MQ=255) acacGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGc > 2:1018592/1‑150 (MQ=255) cacGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGcc < 1:1501582/150‑1 (MQ=255) acGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCa > 1:2530497/1‑150 (MQ=255) cgcgCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCAc < 2:426956/150‑1 (MQ=255) cgcCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCg < 2:2225828/150‑1 (MQ=255) cgcCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCg > 1:2399100/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCggg < 2:1039549/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCggg < 2:5266867/150‑1 (MQ=255) cTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGt < 2:3279240/150‑1 (MQ=255) cTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGt > 1:3629544/1‑150 (MQ=255) ggCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTAt > 1:63076/1‑150 (MQ=255) cGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCTCCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATc < 1:53647/150‑1 (MQ=255) gATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATcc > 2:1270096/1‑150 (MQ=255) gATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATcc > 1:4515289/1‑150 (MQ=255) gATAATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCAGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCTCAACAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATcc > 1:1886138/1‑150 (MQ=255) aTTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATccc < 1:1672412/150‑1 (MQ=255) aTTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATcccc > 2:3503147/1‑150 (MQ=255) ttATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATcccc < 1:1735859/150‑1 (MQ=255) tATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCg > 1:4255062/1‑150 (MQ=255) tCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGac > 1:2334428/1‑150 (MQ=255) ttCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGacac > 1:4638812/1‑150 (MQ=255) cGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGt < 1:2290911/150‑1 (MQ=255) aaTACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGa > 2:4562158/1‑150 (MQ=255) aaTACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGa > 2:4690961/1‑150 (MQ=255) tACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGaaa > 2:1143576/1‑150 (MQ=255) tACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGaaaa < 2:1664744/150‑1 (MQ=255) aCCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGaaaa < 1:2411624/150‑1 (MQ=255) ccTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGc > 2:5526466/1‑150 (MQ=255) 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aaaaCCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTaacaac > 2:2762563/1‑150 (MQ=255) aaCCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTg < 1:5270252/150‑1 (MQ=255) cACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTg < 2:945657/150‑1 (MQ=255) gACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCa < 1:4398747/150‑1 (MQ=255) gACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCa > 2:1659166/1‑150 (MQ=255) 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cccGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCAGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGttt < 1:398744/150‑1 (MQ=255) ccgccgGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTa < 2:650386/150‑1 (MQ=255) gccgGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATc > 1:1533487/1‑150 (MQ=255) cgGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCg < 2:3205435/150‑1 (MQ=255) cgGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCg > 1:2199325/1‑150 (MQ=255) ggATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCgg > 2:1919135/1‑150 (MQ=255) ggATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCgg < 1:5141628/150‑1 (MQ=255) gATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCggg > 1:3003298/1‑150 (MQ=255) ttACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCt > 1:86759/1‑150 (MQ=255) tACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCtt > 1:3888155/1‑150 (MQ=255) 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cGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGtt < 2:1819015/150‑1 (MQ=255) acTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCa < 1:4099179/150‑1 (MQ=255) cTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCAt > 2:2102380/1‑150 (MQ=255) tCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATg < 2:2291880/150‑1 (MQ=255) tCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATgg < 2:3011197/150‑1 (MQ=255) 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accaGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGaa > 2:3692029/1‑150 (MQ=255) accaGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAAc < 1:3374531/150‑1 (MQ=255) caGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACt < 2:471833/150‑1 (MQ=255) gcATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCCGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCtt < 2:3823043/150‑1 (MQ=255) aGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGa > 2:2919802/1‑150 (MQ=255) 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gCCTATTT‑CCCCCAGTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTAATTTTACGCCGCTGAc < 2:3772831/150‑1 (MQ=255) ttt‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTAATTTTACGCCGCTGACTcaca > 1:3705583/1‑150 (MQ=255) | TGATCGCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTAATTTTACGCCGCTGACTCACAAT > CP009273/2586880‑2587178 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |