New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | CP009273 | = 1635223 | 54 (0.170) | 276 (0.850) | 142/278 | NT | 83.6% | intergenic (‑381/+373) | essQ/cspB | Qin prophage; putative S lysis protein/Qin prophage; cold shock protein |
? | CP009273 | = 1645805 | NA (NA) | intergenic (+11/‑3) | insD1/intQ | IS2 transposase TnpB;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related/pseudogene, Qin prophage; phage integrase family;Phage or Prophage Related |
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AAAAACTCAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTGTAGCCTGATTGATTTTATTAGTAACAAGTATTTTTTATATTTTAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCA > CP009273/1635074‑1635372 | aaaaCTCAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTt > 2:5660941‑M1/1‑149 (MQ=255) aaaCTCAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtg > 1:24826‑M1/1‑148 (MQ=255) cTCAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtggat < 2:3233834‑M1/150‑6 (MQ=255) 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tggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAAGCTGTAGCCtgatt > 2:779786‑M1/135‑150 (MQ=255) aTCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtggatttgccc > 1:1496097‑M1/1‑139 (MQ=255) ggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAAGCTGTAGCCtgattg > 1:5642812‑M1/134‑150 (MQ=255) gtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAAGCTGTAGCCtgattga < 1:3527296‑M1/18‑1 (MQ=255) gtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAAGCTGTAGCCtgattga > 1:4481397‑M1/133‑150 (MQ=255) 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tCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactt > 2:1664704‑M1/1‑111 (MQ=255) ccTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactta < 1:4957398‑M1/150‑41 (MQ=255) ccTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactta < 1:1717454‑M1/150‑41 (MQ=255) gCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc < 2:1938847‑M1/150‑44 (MQ=255) acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAAGCTGTAGCCTGATTGATTTTATTAGTAACAAGTATTTTTTATAttt < 1:4794934‑M1/48‑1 (MQ=255) 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cATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcg > 1:3894910‑M1/1‑36 (MQ=255) tGCATCAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgtta < 2:3399480‑M1/150‑118 (MQ=255) tGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTGTAGCCTGATTGATTTTATTAGTAACAAGTATTTTTTATATTTTAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGt > 2:1548072/1‑150 (MQ=255) tggagattcagggggccagtctaAAGCTGTAGCCTGATTGATTTTATTGGTAACAAGTATTTTTTATATTTTAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATcc > 1:597806‑M1/24‑150 (MQ=255) tggagattcagggggccagtctaAAGCTGTAGCCTGATTGATTTTATTAGTAACAAGTATTTTTTATATTTTAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATcc < 2:4693457‑M1/127‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |