| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 632,406 | T→A | 44.0% | K223N (AAA→AAT) | ybdO ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 632,406 | 0 | T | A | 44.0% | 157.2 / inf | 367 | K223N (AAA→AAT) | ybdO | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (98/104); new base A (71/90); total (173/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 370 total aligned reads displayed.
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agagGAACCACGAAATGAGATATTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATg < 1:2714275/150‑1 (MQ=255) gagGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGc > 1:5246566/1‑150 (MQ=255) gagGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGc < 2:1585626/150‑1 (MQ=255) agGAACCACGAAATGAGATATTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGcc > 2:1647477/1‑150 (MQ=255) gAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGCCTa < 2:1059639/150‑1 (MQ=255) 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gaTTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGCCTATTACTACAAATTag > 2:2040950/1‑150 (MQ=255) aTTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGCCTATTACTACAAATTaga < 1:838423/150‑1 (MQ=255) | TGAAGGTAACGGATGTTCTAGTTTTATCTCTTTTAAGTTAAGAAAGTCACGGTAGGAATTATAAAGTTCATAGGGGACTATTCCCAGTAAATCTGTAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGCCTATTACTACAAATTAGA > CP009273/632259‑632553 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |