Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 731,316 | A→T | 7.1% | T71S (ACA→TCA) | ybfC → | putative periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 731,316 | 0 | A | T | 7.1% | 1143.2 / 55.4 | 335 | T71S (ACA→TCA) | ybfC | putative periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (158/152); new base T (9/15); total (168/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
CGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGTTT > CP009273/731168‑731465 | gAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTGACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGGTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACa < 2:5561274/150‑1 (MQ=255) aaaTACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACAt < 2:3569865/150‑1 (MQ=255) aaaTACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACAt < 2:5632004/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |