Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,136,758 | T→A | 7.0% | A1022A (GCA→GCT) | rne ← | fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA‑binding protein/RNA degradosome binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,136,758 | 0 | T | A | 7.0% | 1070.7 / 54.4 | 313 | A1022A (GCA→GCT) | rne | fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA‑binding protein/RNA degradosome binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (132/159); new base A (12/10); total (144/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.66e-01 |
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
ACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGCGCGGCAGGTTGAGCAACAAC > CP009273/1136609‑1136907 | aCCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGt > 2:4965791/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTg < 2:3973513/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTg < 2:286347/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTg > 2:5278887/1‑150 (MQ=255) cAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGTCGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGc < 2:4038666/150‑1 (MQ=255) cAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGc > 1:1249921/1‑150 (MQ=255) ggCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGCCCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTc < 2:1432922/150‑1 (MQ=255) gCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTcc > 2:4484866/1‑150 (MQ=255) cTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTTCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAATAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCg < 1:2467554/150‑1 (MQ=255) tGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGa > 1:360978/1‑150 (MQ=255) tGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGa > 1:2596528/1‑150 (MQ=255) tGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGAGCCTCCGGa > 2:4568436/1‑150 (MQ=255) aTTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAAc > 1:5343846/1‑150 (MQ=255) tACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACat < 1:813761/150‑1 (MQ=255) cTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACatat < 1:5549256/150‑1 (MQ=255) ttGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTc > 1:5300501/1‑150 (MQ=255) aGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCgg < 2:3235323/150‑1 (MQ=255) aGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCgg < 1:5065432/150‑1 (MQ=255) cTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTg > 2:5252205/1‑150 (MQ=255) aaTTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCt < 2:4923295/150‑1 (MQ=255) attattACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTg < 1:2769623/150‑1 (MQ=255) ttattaCTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTgg < 2:5420912/150‑1 (MQ=255) attaCTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAg > 1:337990/1‑150 (MQ=255) tCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAgcgcgc > 2:1320384/1‑150 (MQ=255) aaCAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGt > 2:4298501/1‑150 (MQ=255) aCAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTc > 1:1379717/1‑150 (MQ=255) cAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCa < 2:673467/150‑1 (MQ=255) aGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCAt > 2:5279735/1‑150 (MQ=255) ggTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCAtt < 2:710712/150‑1 (MQ=255) gTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTg < 2:3418782/150‑1 (MQ=255) gTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCAACTTTACCTTAGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTg > 1:157942/1‑150 (MQ=255) tGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGgc < 1:5573287/150‑1 (MQ=255) cGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAATAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGgcgc > 2:544217/1‑150 (MQ=255) 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gtTGCCGTATGAACACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCTCTGCAAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCa < 2:1280575/150‑1 (MQ=255) ttGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAg < 2:2112159/150‑1 (MQ=255) gCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGt > 1:946510/1‑150 (MQ=255) gCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGt > 2:5022825/1‑150 (MQ=255) cGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTc < 1:4071706/150‑1 (MQ=255) 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aaGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGAGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAg > 1:2848884/1‑150 (MQ=255) tAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGa < 2:1514756/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGacta < 1:5135517/150‑1 (MQ=255) tGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGgc > 1:5628092/1‑150 (MQ=255) cAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGcgcg < 1:4182106/150‑1 (MQ=255) cAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGcgcg < 1:1034978/150‑1 (MQ=255) aGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGCGCgg > 2:3079178/1‑150 (MQ=255) aGTCACTGTGACGCGGAGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGCGCgg > 1:172382/1‑150 (MQ=255) aCTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGCGCGGCAgg > 2:4269752/1‑150 (MQ=255) gtgACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGCGCGGCAGGTTg < 2:2594230/150‑1 (MQ=255) 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tGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGCGCGGCAGGTTGAGCaacaac < 2:1379562/150‑1 (MQ=255) tGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGCGCGGCAGGTTGAGCaacaac < 1:3673263/150‑1 (MQ=255) | ACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGCGCGGCAGGTTGAGCAACAAC > CP009273/1136609‑1136907 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |