| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,197,027 | G→T | 17.7% | M25I (ATG→ATT) | ymfI → | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,197,027 | 0 | G | T | 17.7% | 943.1 / 154.2 | 335 | M25I (ATG→ATT) | ymfI | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (139/136); new base T (29/31); total (168/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
TGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGC > CP009273/1196878‑1197176 | tgtgCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATg > 1:5555936/1‑150 (MQ=255)tgtgCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATg > 2:3305795/1‑150 (MQ=255) gtgCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATGc > 2:4338353/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |