| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,247,376 | G→T | 17.6% | V285V (GTG→GTT) | dhaR → | dhaKLM operon transcription activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,247,376 | 0 | G | T | 17.6% | 959.1 / 151.0 | 327 | V285V (GTG→GTT) | dhaR | dhaKLM operon transcription activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (124/145); new base T (21/37); total (145/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
TTGCGCCTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCG > CP009273/1247227‑1247525 | gcCTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATaa > 2:1502097/1‑150 (MQ=255) tGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCt < 2:5582486/150‑1 (MQ=255) gACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCtt < 2:2763981/150‑1 (MQ=255) gACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCtt < 1:24796/150‑1 (MQ=255) gACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCtt > 2:1354736/1‑150 (MQ=255) gACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAAcc < 1:722555/150‑1 (MQ=255) ggCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGat > 2:1882001/1‑150 (MQ=255) cAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGataa < 2:2212564/150‑1 (MQ=255) aaGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGataat < 2:2114416/150‑1 (MQ=255) aaGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGataat < 1:1496516/150‑1 (MQ=255) aaGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGataat < 2:1834623/150‑1 (MQ=255) aaGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGAGGTGATAACCCTTAAACCGataat > 1:186545/1‑150 (MQ=255) aGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGataata < 1:3681646/150‑1 (MQ=255) gggACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAc < 2:3631804/150‑1 (MQ=255) ggACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACg < 1:4468963/150‑1 (MQ=255) aCGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCa < 1:2445140/150‑1 (MQ=255) gggCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAgg < 1:3677133/150‑1 (MQ=255) cAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGaa < 2:1269148/150‑1 (MQ=255) 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aaCTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTa > 1:1243930/1‑150 (MQ=255) ctTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTAtttt < 1:2027031/150‑1 (MQ=255) ctTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTAtttt > 1:4902967/1‑150 (MQ=255) ctTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATAGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTAtttt > 1:2075054/1‑150 (MQ=255) ttAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTttg > 1:1970368/1‑150 (MQ=255) aaCGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCTGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTttgtt > 2:4517301/1‑150 (MQ=255) aaCGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTttgtt < 1:2754760/150‑1 (MQ=255) aaCGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTttgtt > 1:4964963/1‑150 (MQ=255) aaCGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTttgtt < 2:4345425/150‑1 (MQ=255) aaCGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTttgtt < 1:4232747/150‑1 (MQ=255) 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ccAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCcaca < 1:3553788/150‑1 (MQ=255) tttATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGAc > 1:3779247/1‑150 (MQ=255) tttATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGAc < 2:2615521/150‑1 (MQ=255) tttATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGAc > 1:3303786/1‑150 (MQ=255) ttATTGATGCGTTGATCCCCCTTAAACCGATTATAGAAACGCTGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTGGTTGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTACGCTCATATGCCACAGGACg < 2:890424/150‑1 (MQ=255) aTTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGAt > 2:2377619/1‑150 (MQ=255) ttGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATc > 1:1561501/1‑150 (MQ=255) gATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCg > 1:187221/1‑150 (MQ=255) aTGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGc > 1:2373549/1‑150 (MQ=255) tGCGGTGATAACCCTTCAACCGATAATAGAACCGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCa < 1:2994188/150‑1 (MQ=255) ggTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAAc < 1:4160142/150‑1 (MQ=255) ggTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAAc > 1:3375709/1‑150 (MQ=255) | TTGCGCCTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCG > CP009273/1247227‑1247525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |