| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,368,566 | T→G | 13.0% | F74V (TTC→GTC) | ycjP → | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,368,566 | 0 | T | G | 13.0% | 820.8 / 122.8 | 308 | F74V (TTC→GTC) | ycjP | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (123/145); new base G (21/19); total (144/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
CTGTTTCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATT > CP009273/1368419‑1368715 | cTGTTTCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTc > 2:3565708/1‑150 (MQ=255)cTGTTTCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCCGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTc < 1:1394628/150‑1 (MQ=255) gTTTCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCg > 2:5655378/1‑150 (MQ=255) ccATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAAc > 1:5305213/1‑150 (MQ=255) aTTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAg > 2:1170384/1‑150 (MQ=255) aTTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGAGGATTTACCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAg > 1:5640683/1‑150 (MQ=255) ttttttGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGt < 1:2582488/150‑1 (MQ=255) ttttttGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGt > 2:2819482/1‑150 (MQ=255) tttttGTGTTGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGAGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTc < 2:2141428/150‑1 (MQ=255) tgATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCtggtgg > 2:5469877/1‑150 (MQ=255) gATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTggtggt > 2:3841455/1‑150 (MQ=255) gATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTggtggt < 2:4674748/150‑1 (MQ=255) gATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTggtggt < 1:1925238/150‑1 (MQ=255) aTGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGgtggtg > 1:1733124/1‑150 (MQ=255) tGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGgtgt < 1:2384881/150‑1 (MQ=255) tGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTGTCCCGTTAGTCGACTACTTCCGTAACAGTCGGgtggtgg > 2:5240997/1‑149 (MQ=255) tgatgaCCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCtg < 1:2022215/150‑1 (MQ=255) tgatgaCCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCtg < 1:3622597/150‑1 (MQ=255) gatgaCCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCtgt > 2:1292221/1‑150 (MQ=255) atgaCCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCtgtg > 2:5553882/1‑150 (MQ=255) aCCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGtt > 2:5086671/1‑150 (MQ=255) cTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTc > 2:4274871/1‑150 (MQ=255) gTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATc < 1:1444909/150‑1 (MQ=255) gTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATc > 2:1134640/1‑150 (MQ=255) tCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCg > 1:1787339/1‑150 (MQ=255) aGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCgtgg < 2:867701/150‑1 (MQ=255) aGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGGGGTGTCTGTGGGTTCATCCgtgg > 2:5298888/1‑150 (MQ=255) ggCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCgtggtg < 2:2921642/150‑1 (MQ=255) gcgAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCg < 2:3146256/150‑1 (MQ=255) cgAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCgg > 2:1417207/1‑150 (MQ=255) aaGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTAt > 1:3852742/1‑150 (MQ=255) aaGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGAGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCAGTGGTGGCGGTAt > 1:2497620/1‑150 (MQ=255) agagGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTAtt < 1:5164535/150‑1 (MQ=255) gagGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTc < 1:4092447/150‑1 (MQ=255) agGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTcc < 2:1965801/150‑1 (MQ=255) gATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCgg < 1:3151765/150‑1 (MQ=255) gATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCgg > 1:5468601/1‑150 (MQ=255) gATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCgg > 1:2415395/1‑150 (MQ=255) gATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCgg > 1:5227266/1‑150 (MQ=255) gATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATGTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCgg > 2:1317225/1‑150 (MQ=255) aTCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGc > 2:1119251/1‑150 (MQ=255) aCTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTCTTCCTCGGCATTCt > 1:5561471/1‑150 (MQ=255) cTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCtt < 1:5010839/150‑1 (MQ=255) 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cGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGtata < 1:3903530/150‑1 (MQ=255) cGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGtata > 2:1193819/1‑150 (MQ=255) tttGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATg < 2:1778220/150‑1 (MQ=255) tCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTtct < 1:4429977/150‑1 (MQ=255) actactTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTg < 1:234829/150‑1 (MQ=255) 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ctTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCAt < 2:5634960/150‑1 (MQ=255) ttCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCAtt < 1:1591570/150‑1 (MQ=255) | CTGTTTCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATT > CP009273/1368419‑1368715 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |