Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,538,906 | G→A | 16.4% | pseudogene (116/381 nt) | yddK ← | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,538,906 | 0 | G | A | 16.4% | 833.9 / 138.3 | 314 | pseudogene (116/381 nt) | yddK | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (143/117); new base A (31/20); total (176/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.53e-01 |
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
CATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCCAA > CP009273/1538758‑1539055 | tttttAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGaa > 1:4650790/1‑150 (MQ=255) ttttAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGaaa > 1:170373/1‑150 (MQ=255) tttAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAg < 2:3907158/150‑1 (MQ=255) 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tttttAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCaa < 2:3188948/150‑1 (MQ=255) ttttAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAAt < 2:2227524/150‑1 (MQ=255) tttAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAAtt < 1:928896/150‑1 (MQ=255) tttAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAAtt > 1:444155/1‑150 (MQ=255) aaTAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGtt > 2:117592/1‑150 (MQ=255) 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tGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTttatta < 1:2453035/150‑1 (MQ=255) gAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTtattat < 2:3138497/150‑1 (MQ=255) aaCTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATg > 1:5123309/1‑150 (MQ=255) cAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGaa < 1:556510/150‑1 (MQ=255) aaTGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATa > 2:1214224/1‑150 (MQ=255) tGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATaaa > 2:1864670/1‑150 (MQ=255) cACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGt < 2:3266731/150‑1 (MQ=255) aCCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGtt > 1:4276217/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTGTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGtt > 1:4795003/1‑150 (MQ=255) aGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCCa < 1:106159/150‑1 (MQ=255) ggCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCCaa > 2:4061678/1‑150 (MQ=255) ggCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCCaa < 1:705900/150‑1 (MQ=255) | CATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCCAA > CP009273/1538758‑1539055 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |