| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,658,420 | C→A | 8.2% | S185R (AGC→AGA) | ynfH → | oxidoreductase, membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,658,420 | 0 | C | A | 8.2% | 1038.9 / 49.2 | 281 | S185R (AGC→AGA) | ynfH | oxidoreductase, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (138/120); new base A (12/11); total (150/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
TATCAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTATGCGCAGGTCT > CP009273/1658271‑1658569 | tATCAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGc > 1:604471/1‑150 (MQ=255) aTCAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCg > 2:2397245/1‑150 (MQ=255) cAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGtt > 2:4144519/1‑150 (MQ=255) cAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGtt > 2:3417303/1‑150 (MQ=255) aaTCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCt < 1:103337/150‑1 (MQ=255) gACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGgcg > 2:1324516/1‑150 (MQ=255) acacCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGgcgc > 1:2166954/1‑150 (MQ=255) acCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTg > 1:4850400/1‑150 (MQ=255) gTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATc < 2:756330/150‑1 (MQ=255) gTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGAGTTCTGGCGCTGATc < 2:2594632/150‑1 (MQ=255) tGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCg > 1:143213/1‑150 (MQ=255) gCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGAGTTCTGGCGCTGATCGc < 1:3321716/150‑1 (MQ=255) ccAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCt < 2:3852807/150‑1 (MQ=255) cAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCtt < 2:3170142/150‑1 (MQ=255) aaCCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTtg > 1:282480/1‑150 (MQ=255) ccTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTtgtg < 2:1416082/150‑1 (MQ=255) ccTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTtgtg > 2:3916543/1‑150 (MQ=255) tGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGcc < 1:5205088/150‑1 (MQ=255) tGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGcc > 1:1166551/1‑150 (MQ=255) tGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGcc > 1:4309381/1‑150 (MQ=255) tGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGcc < 1:3641423/150‑1 (MQ=255) ggCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGcca < 1:1114083/150‑2 (MQ=255) tAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCCTTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGt < 2:4387351/150‑1 (MQ=255) 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cacTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGtgct < 1:3417146/150‑1 (MQ=255) acTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGtgctg > 2:1901700/1‑150 (MQ=255) cTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGtgctgc > 1:2753365/1‑150 (MQ=255) tACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCa < 2:5249926/150‑1 (MQ=255) tACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCa < 2:3904990/150‑1 (MQ=255) 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acCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGt < 1:4254239/150‑1 (MQ=255) ccATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTa > 2:3005614/1‑150 (MQ=255) aTTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTAtt < 1:249225/150‑1 (MQ=255) tGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGtt < 2:2047439/150‑1 (MQ=255) tGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGtt < 1:4921283/150‑1 (MQ=255) 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cGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTATGCGCAGGTCt > 2:2748026/1‑150 (MQ=255) cGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTATGCGCAGGTCt < 2:2166954/150‑1 (MQ=255) | TATCAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTATGCGCAGGTCT > CP009273/1658271‑1658569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |