Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,716,193 | A→T | 6.0% | S225C (AGT→TGT) | ydhJ → | putative membrane fusion protein (MFP) of YdhJK efflux pump |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,716,193 | 0 | A | T | 6.0% | 1257.6 / 52.7 | 365 | S225C (AGT→TGT) | ydhJ | putative membrane fusion protein (MFP) of YdhJK efflux pump |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (179/163); new base T (12/10); total (191/174) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
CCGGGAAACCGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTG > CP009273/1716044‑1716342 | ccGGGAAACCGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCa < 2:2883422/150‑1 (MQ=255) gggAAACCGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGt > 1:3853950/1‑150 (MQ=255) gggAAACCGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGt > 1:634555/1‑150 (MQ=255) gAAACCGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGTGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTAt > 1:4313911/1‑150 (MQ=255) aaaCCGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTAtc < 1:1027958/150‑1 (MQ=255) aaCCGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTAtcg < 1:137470/150‑1 (MQ=255) aCCGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTAtcgg < 1:3626376/150‑1 (MQ=255) ccGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTAtcggt < 1:1418451/150‑1 (MQ=255) ccGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTAtcggt > 1:2147333/1‑150 (MQ=255) cGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTAtcggtc > 2:4679272/1‑150 (MQ=255) gCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTAtcggtcg > 1:5169775/1‑150 (MQ=255) cTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTAtcggtcgg < 1:5477403/150‑1 (MQ=255) ttGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGa > 1:4969584/1‑150 (MQ=255) 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cGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGaaa > 2:824791/1‑150 (MQ=255) cGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGaaa > 1:3772715/1‑150 (MQ=255) ttttACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGt > 2:2233518/1‑150 (MQ=255) tttACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTg > 2:1077542/1‑150 (MQ=255) tttACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTg < 2:3168754/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |