| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,129,796 | C→A | 5.4% | R310L (CGT→CTT) | wza ← | colanic acid export protein; outer membrane auxillary lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,129,796 | 0 | C | A | 5.4% | 1284.4 / 33.5 | 332 | R310L (CGT→CTT) | wza | colanic acid export protein; outer membrane auxillary lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (151/163); new base A (12/6); total (163/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
GCAACTGATTGATCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTCGATGCCTTCAGCATTGCCCAGGGCTTCAGTCAGGGTCATGCCGCTAAAGTCCATTTTCAGGGTGCTCTGTTTCTTCACTTCACC > CP009273/2129647‑2129944 | gcaACTGATTGATCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTAc < 1:325766/150‑1 (MQ=255) aCTGATTGATCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTAcgcc < 1:2209826/150‑1 (MQ=255) tgattgatCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTAcgcccg > 2:3695117/1‑150 (MQ=255) gattgatCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTAagcccgc < 2:4023035/150‑1 (MQ=255) attgatCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGATGGTAGATATTGGCAATCTTGCAGTTAcgcccgcc > 2:1514729/1‑150 (MQ=255) tgatCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCt < 2:1731350/150‑1 (MQ=255) atCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCg > 2:4916876/1‑150 (MQ=255) aGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCt > 2:3122913/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCg > 1:3477114/1‑150 (MQ=255) cAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACAGACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGa < 2:1037081/150‑1 (MQ=255) tgCGTGATACCGGGGCTGTGGTGACATAAACCAAGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCATCGACGTGTCATAGGACATATCGAGCTGTTATATATTGGCATTCTTGCCGTTACGCATGCCCTCGCCTTTCAGctgtt < 2:3521673/149‑5 (MQ=255) gCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACg < 1:5022524/150‑1 (MQ=255) gggAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGaa > 2:4704308/1‑150 (MQ=255) ggAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAAt > 2:1720302/1‑150 (MQ=255) gAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATg > 2:3583322/1‑150 (MQ=255) gAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATg > 1:4393255/1‑150 (MQ=255) aCCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACa < 1:2652669/150‑1 (MQ=255) cGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTAGCCTTTCAGCGGACGAATGACaaa > 1:1933711/1‑150 (MQ=255) 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acacCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTgg < 1:1411857/150‑1 (MQ=255) caccacGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCGTCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGa < 1:2162334/150‑1 (MQ=255) ccacGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAgg > 2:823699/1‑150 (MQ=255) cacGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAggt < 2:2239642/150‑1 (MQ=255) cacGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAggt < 2:5199374/150‑1 (MQ=255) 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tACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTCGATGCCTTCAGCATTGCCCAGGGCTTCAGTCAGGGTCATGCCGCTAAAGTCCATTTTCAGGGTGCGCTGTTTCttcacttcac > 2:5167363/1‑150 (MQ=255) aCGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTCGATGCCTTCAGCATTGCCCAGGGCTTCAGTCAGGGTCATGCCGCTAAAGTCCATTTTCAGGGTGCTCTGTTTCTTCACTTCAcc > 1:2547977/1‑150 (MQ=255) | GCAACTGATTGATCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTCGATGCCTTCAGCATTGCCCAGGGCTTCAGTCAGGGTCATGCCGCTAAAGTCCATTTTCAGGGTGCTCTGTTTCTTCACTTCACC > CP009273/2129647‑2129944 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |