| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,390,862 | C→A | 12.8% | V20V (GTG→GTT) | nuoH ← | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,390,862 | 0 | C | A | 12.8% | 1133.0 / 98.4 | 336 | V20V (GTG→GTT) | nuoH | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (112/180); new base A (22/22); total (134/202) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
TTAAAGAACATTTTGATCATGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCATCGGCAAGCCCACCTGCCCTGCC > CP009273/2390713‑2391011 | aaGAACATTTTGATCATGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATcacc > 2:1652604/1‑150 (MQ=255) aGAACATTTTGATCATGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATcac < 2:2724376/148‑1 (MQ=255) aGAACATTTTGATCATGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATcac > 1:2724376/1‑148 (MQ=255) gAACATTTTGATCATGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATaaccac > 2:1577049/1‑150 (MQ=255) aCATTTTGATCATGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCg < 2:1757048/150‑1 (MQ=255) cATTTTGATCATGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGc > 1:4855925/1‑150 (MQ=255) cATTTTGATCATGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGc > 1:4518820/1‑150 (MQ=255) tGATCATGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGa > 1:3064016/1‑150 (MQ=255) 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aTCATGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAgg > 2:5631504/1‑150 (MQ=255) aTCATGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCAGGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCCGGATAACCACCGCTTTGAgg > 2:5147065/1‑150 (MQ=255) cATGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGAt < 1:2352041/150‑1 (MQ=255) aTGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATg < 2:678166/150‑1 (MQ=255) aTGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATg > 2:3140349/1‑150 (MQ=255) 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cAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGAt < 1:822687/150‑1 (MQ=255) cAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGAt < 1:5029660/150‑1 (MQ=255) aGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGAtc > 1:3279196/1‑150 (MQ=255) gCTGGAGCGAACCGCCCCCGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGCATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGCTCACCACCGCTTTGAGGATGGCCCGCAGGAgct > 2:4749336/1‑150 (MQ=255) gCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCTCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGAtct < 2:396269/150‑1 (MQ=255) cTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTCGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTGCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGAtctc > 2:3772228/1‑150 (MQ=255) cTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGAtctc > 1:5279319/1‑150 (MQ=255) aGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATc < 1:1785111/150‑1 (MQ=255) gCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCa < 2:3431663/150‑1 (MQ=255) aCCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTc > 2:1215898/1‑150 (MQ=255) 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tCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAAt < 2:2518680/150‑1 (MQ=255) tCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAAt < 2:260808/150‑1 (MQ=255) tGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGcc < 1:4216492/150‑1 (MQ=255) tGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATAACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCTCCGGCGCCATGcc > 2:2886632/1‑150 (MQ=255) tGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATAACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGGTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGAc < 2:539058/150‑1 (MQ=255) gCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACa < 1:2488740/150‑1 (MQ=255) ccccGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACAt > 2:4819307/1‑150 (MQ=255) ccGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATAc < 1:4190029/150‑1 (MQ=255) cAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCa < 2:4690279/150‑1 (MQ=255) aGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCAt > 1:3114797/1‑150 (MQ=255) aGGTGACAACCACCAGCAGGATAACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCAt > 2:3019621/1‑150 (MQ=255) gTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCATCg > 1:3326404/1‑150 (MQ=255) gTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCATCg < 2:4594337/150‑1 (MQ=255) gTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCATCg < 2:5536883/150‑1 (MQ=255) tGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCATCgg < 2:2422642/150‑1 (MQ=255) gACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCATCGGc < 2:3279196/150‑1 (MQ=255) cAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCAt > 2:4528285/1‑144 (MQ=255) caccaGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCATCGGCAAGccc < 2:5279319/150‑1 (MQ=255) accaGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATCCCCATCGGCAAGCCCa > 1:4139394/1‑150 (MQ=255) accaGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCATCGGCAAGCCCa < 1:3652512/150‑1 (MQ=255) gcagGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCATCGGCAAGCCCAcctg < 1:299977/150‑1 (MQ=255) ggATCACCACCTCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCATCGGCAAGCCCAcctgccc < 1:5252783/150‑1 (MQ=255) | TTAAAGAACATTTTGATCATGTCCGCAACCAGCTGGAGCGAACCGCCCCAGCCAACACGGTTAGGTCCGTAACGGTTCTGGAACAGACCCAGCAGGCGACGTTCGCCAAAGCTCATGAATGCCCCGCAGGTGACAACCACCAGCAGGATCACCACCGCTTTGAGGATGGTCAGCAGGATCTCAATCAGTTCCGGTGATATCCAACTCATTGTTGTGCCTCCTTGAGATCCTCAAGATGCGCGCCAGCCAGCACCGGAGCAATGCCGGACATACCCATCGGCAAGCCCACCTGCCCTGCC > CP009273/2390713‑2391011 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |