| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,600,721 | C→A | 6.5% | S149* (TCG→TAG) | hyfF → | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,600,721 | 0 | C | A | 6.5% | 1336.3 / 45.2 | 352 | S149* (TCG→TAG) | hyfF | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (191/137); new base A (15/9); total (206/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
TCATGAAGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTATGCCGCAGGCAGAAA > CP009273/2600572‑2600870 | tCATGAAGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTc > 1:2458020/1‑150 (MQ=255) cATGAAGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCg < 1:5554777/150‑1 (MQ=255) cATGAAGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCg < 1:4934466/150‑1 (MQ=255) cATGAAGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTCCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCg > 2:3723168/1‑150 (MQ=255) aaGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGt > 2:4917286/1‑150 (MQ=255) gCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTAGGCGTTTCTg > 2:3177205/1‑150 (MQ=255) acacGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTAGGCGTTTCTGGt > 1:1445377/1‑150 (MQ=255) ggCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGc > 2:2955162/1‑150 (MQ=255) ggCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGc > 2:4222895/1‑150 (MQ=255) cGATCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCAt < 2:5230521/150‑1 (MQ=255) cGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCAt > 1:5081092/1‑150 (MQ=255) cGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCAt < 1:4526017/150‑1 (MQ=255) cGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCAt > 2:5222823/1‑150 (MQ=255) gAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTATGCAtt > 2:3458815/1‑150 (MQ=255) gAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCAtt > 1:1539525/1‑150 (MQ=255) gAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCAtt < 1:1586487/150‑1 (MQ=255) gAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCAtt > 2:27293/1‑150 (MQ=255) gCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTa < 2:4029298/150‑1 (MQ=255) tttCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTAGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACg < 2:4623851/150‑1 (MQ=255) ttCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGTTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTTATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTTCgg < 2:5398617/150‑1 (MQ=255) tCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGt > 1:658947/1‑150 (MQ=255) cACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTc > 2:1496035/1‑150 (MQ=255) aCCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCa > 1:4337408/1‑150 (MQ=255) gTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGt < 1:298276/150‑1 (MQ=255) gTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGt < 1:2999654/150‑1 (MQ=255) tACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTc > 1:913353/1‑150 (MQ=255) gtgCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCt < 2:223628/150‑1 (MQ=255) gATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTCGGCAGTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGaa > 2:3273926/1‑150 (MQ=255) gATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGaa < 1:4873875/150‑1 (MQ=255) gATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGaa > 1:3779668/1‑150 (MQ=255) aTTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAg > 1:353865/1‑150 (MQ=255) actacGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTg > 1:3109593/1‑150 (MQ=255) tacGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCa > 2:4440083/1‑150 (MQ=255) tacGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCa > 2:1346883/1‑150 (MQ=255) acGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCAt < 2:113699/150‑1 (MQ=255) acGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCAt > 1:2726481/1‑150 (MQ=255) acGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCAt > 1:3296982/1‑150 (MQ=255) acGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCAt > 1:2372865/1‑150 (MQ=255) ggTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATgg < 1:470087/150‑1 (MQ=255) gTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACGTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTGTCTGGTAGGCATTTAGGGTCAGCGTTCTTCGCTGGATGCTGCAGGGa > 2:5364600/1‑150 (MQ=255) tttCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGaa > 1:3338653/1‑150 (MQ=255) ttcttcCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCTCTGGAAGCTGCATGGAAg > 2:5294504/1‑150 (MQ=255) tcttcCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGt > 2:4896860/1‑150 (MQ=255) cttcCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGtg > 2:3313219/1‑149 (MQ=255) cttcCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTa < 2:770645/150‑1 (MQ=255) cttcCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTAGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTa > 1:568218/1‑150 (MQ=255) ttcCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGAAc > 2:3748464/1‑150 (MQ=255) tcCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTAca > 2:3652910/1‑150 (MQ=255) ccATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTAGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTAcat < 1:5165633/150‑1 (MQ=255) cATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCACTAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGCTCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCAACGCTGGCAGCTGCATGGAAGTAcatc > 2:1534117/1‑150 (MQ=255) cATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTAcatc > 2:4330217/1‑150 (MQ=255) cATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTAcatc > 1:5253517/1‑150 (MQ=255) aTCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTAGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTAcatca < 1:4087605/150‑1 (MQ=255) tGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCCGCATGGAAGTACATCatta < 2:3920703/150‑1 (MQ=255) gTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTAGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCattat < 1:1471851/150‑1 (MQ=255) tttttGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTCCATCgtgatt > 1:5380606/1‑150 (MQ=255) tttttGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCattatt < 2:2666954/150‑1 (MQ=255) tttGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTg > 1:224117/1‑150 (MQ=255) 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tgGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCtt > 1:393479/1‑150 (MQ=255) ggTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCttt > 1:625227/1‑150 (MQ=255) ttgttACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCTTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTg > 2:5521165/1‑150 (MQ=255) tgttACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTgg < 1:544839/150‑1 (MQ=255) ttACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTc < 1:2017421/150‑1 (MQ=255) aCCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTg < 2:1867018/150‑1 (MQ=255) ccAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGt > 1:105979/1‑150 (MQ=255) cAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGtt < 1:1076971/150‑1 (MQ=255) aGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTc < 2:3074982/150‑1 (MQ=255) tGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGc > 1:2852034/1‑150 (MQ=255) tGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGc > 2:2033374/1‑150 (MQ=255) gATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCt > 2:4787815/1‑150 (MQ=255) ttGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTgg < 2:285417/150‑1 (MQ=255) gATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAATCTCTGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTAATGTTGGTGTCGCTTTTTGTCTGTTCTGTACCGTGATGGtata > 2:496452/1‑150 (MQ=255) aTGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATAc < 2:4345941/150‑1 (MQ=255) aTGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATAc > 1:81793/1‑150 (MQ=255) aTGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTGTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATAc > 1:4198340/1‑150 (MQ=255) tgGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGcc > 2:4501205/1‑150 (MQ=255) tgGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGcc < 2:1034463/150‑1 (MQ=255) gggCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCa < 2:2570266/150‑1 (MQ=255) ggcggcGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCaa > 2:2861234/1‑150 (MQ=255) gcggcgATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAAc < 1:741272/150‑1 (MQ=255) ggcgATCGAAGCCACCACCTTAAGCTAGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAAcgc > 1:2284093/1‑150 (MQ=255) gcgATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAAcgcc < 2:509277/150‑1 (MQ=255) gATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAAcgccgc > 1:5579729/1‑150 (MQ=255) aaGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCg < 1:4139579/150‑1 (MQ=255) gCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGtt < 1:4380527/150‑1 (MQ=255) ccaccaCCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTa < 1:3120145/150‑1 (MQ=255) ccaccaCCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTa < 1:1661089/150‑1 (MQ=255) gCTAGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTATGCCgcaggcag < 2:1445377/150‑1 (MQ=255) tCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTATGCCGCAGGCAGaa < 1:5364600/150‑1 (MQ=255) cGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTATGCCGCAGGCAGaaa > 1:3442976/1‑150 (MQ=255) | TCATGAAGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTATGCCGCAGGCAGAAA > CP009273/2600572‑2600870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |