| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,667,539 | C→T | 5.5% | R170Q (CGG→CAG) | yphB ← | mutarotase superfamily protein, YphB family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,667,539 | 0 | C | T | 5.5% | 1055.1 / 30.6 | 292 | R170Q (CGG→CAG) | yphB | mutarotase superfamily protein, YphB family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (146/130); new base T (8/8); total (154/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
CATAACCTTCCTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTATCCGCCGTTAAATGA > CP009273/2667390‑2667688 | cATAACCTTCCTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTccc < 2:1618054/150‑1 (MQ=255)cATAACCTTCCTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTccc < 2:4013738/150‑1 (MQ=255) aaCCTTCCTGCGGCTGCTCGCTGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCt < 2:4807687/150‑1 (MQ=255) aCCTTCCTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAACATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTc > 2:4190156/1‑150 (MQ=255) aCCTTCCTGCGGCTGCGCGATGCGGGCCTGACCAGTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTc < 1:2963341/150‑1 (MQ=255) ttCCTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTccag > 2:1300691/1‑150 (MQ=255) ccTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTccagcc > 1:332887/1‑150 (MQ=255) cTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTccagcca < 1:5159715/150‑1 (MQ=255) 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tCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTc < 1:2530130/150‑1 (MQ=255) tCACCCGCCAGCCACTGCTACCGCTCCAGCCAGTAACCTCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACTGAAAATAAGTATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTc < 1:2884104/150‑1 (MQ=255) aCCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAg < 2:5552831/150‑1 (MQ=255) cccGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGc > 1:3890387/1‑150 (MQ=255) gccagccaCTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTa > 1:5598734/1‑150 (MQ=255) agccaCTGCTCCTGCTCCCGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTATcc < 1:4289338/150‑1 (MQ=255) agccaCTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTATcc < 2:600853/150‑1 (MQ=255) tGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTATCCGCCGtt < 1:5050455/150‑1 (MQ=255) cTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTATCCGCCGTTaa > 2:2708933/1‑150 (MQ=255) tCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTATCCGCCGTTaaa > 2:3549345/1‑150 (MQ=255) 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ccGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTATCCGCCGTTAAATg > 1:1033925/1‑150 (MQ=255) cGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTATCCGCCGTTAAATGa < 2:4956427/150‑1 (MQ=255) | CATAACCTTCCTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTATCCGCCGTTAAATGA > CP009273/2667390‑2667688 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |