| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,740,398 | C→T | 5.4% | D253N (GAT→AAT) | ffh ← | Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,740,398 | 0 | C | T | 5.4% | 1340.3 / 39.5 | 369 | D253N (GAT→AAT) | ffh | Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (162/187); new base T (5/15); total (167/202) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 378 total aligned reads displayed.
CGACAGTACGTCGCCCATGCCGAGAATACGCGACGCGATGCGGTCCGGATGGAACGGCTCCAGCGCCTCAGTTTTCTCGCCAACACCGAGGAACTTGATCGGTTTGCCAGTGATGTGACGAATAGAGAGCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTCATGGCGTCAACCACAAACAGGGTTTCAACCGGGTTAATCGACGCATGGACTTGTTTGATCTCGT > CP009273/2740249‑2740547 | cGACAGTACGTCGCCCATGCCGAGAATACGCGACGCGATGCGGTCCGGATGGAACGGCTCCAGCGCCTCAGTTTTCTCGCCAACACCGAGGAACTTGATCGGTTTGCCAGTGATGTGACGAATAGAGAGCGCCGCACCGCCGCGGGCATc < 2:3813943/150‑1 (MQ=255) cAGTACGTCGCCCATGCCGAGAATACGCGACGCGATGCGGTCCGGATGGAACGGCTCCAGCGCCTCAGTTTTCTCGCCAACACCGAGGAACTTGATCGGTTTGCCAGTGATGTGACGAATAGAGAGCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGcc < 2:5665222/150‑1 (MQ=255) cAGTACGTCGCCCATGCCGAGAATACGCGACGCGATGCGGTCCGGATGGAACGGCTCCAGCGCCTCAGTTTTCTCGCCAACACCGAGGAACTTGATCGGTTTGCCAGTGATGTGACGAATAGAGAGCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGcc < 1:642006/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |