Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,756,275 | C→A | 5.4% | E209* (GAG→TAG) | yfjK ← | DEAD/H helicase‑like protein, CP4‑57 putative defective prophage |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,756,275 | 0 | C | A | 5.4% | 1415.3 / 37.9 | 367 | E209* (GAG→TAG) | yfjK | DEAD/H helicase‑like protein, CP4‑57 putative defective prophage |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (182/165); new base A (10/10); total (192/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 372 total aligned reads displayed.
GCGAATGCTGTTAACGAACGGTCCCGTCAGGTAAAACTGCCTGGAGACCTTAAGCAGTTTGCTTAACGCAATGTTGAGCTCGATGACTCGTTCGTCTTGATGATCAATGTCCCCGCTTTTCAGTTGTCGGAACGCCAACTTGTAAAACTCGTCAATGACGAAGAGGTCAATGTCGACGATGTCGTCACGCTCGTTCACTCGCTCCTGAGTTAACACATAAACAGCCTGATCGGAATGGCACACTTGGGAACTGTGGTGGATGATCTGATATCGGTCACCGAATCGCTCTTGCAGTCGGC > CP009273/2756126‑2756424 | gcgAATGCTGTTAACGAACGGTCCCGTCAGGTAAAACTGCCTGGAGACCTTAAGCAGTTTGCTTAACGCAATGTTGAGCTCGATGACTCGTTCGTCTTGATGATCAATGTCCCCGCTTTTCAGTTGTCGGAACGCCAACTTGTAAAACTc > 2:1642695/1‑150 (MQ=255) gcgAATGCTGTTAACGAACGGTCCCGTCAGGTAAAACTGCCTGGAGACCTTAAGCAGTTTGCTTAACGCAATGTTGAGCTCGATGACTCGTTCGTCTTGATGATCAATGTCCCCGCTTTTCAGTTGTCGGAACGCCAACTTGTAAAACTc > 1:2818897/1‑150 (MQ=255) gcgAATGCTGTTAACGAACGGTCCCGTAAGGTAAAACTGCCTGGAGACCTTAAGCAGTTTGCTTAACGCAATGTTGAGCTCGATGACTCGTTCGTCTTGATGATCAATGTCCCCGCTTTTCAGTTGTCGGAACGCCAACTTGTAAAACTc > 2:1466651/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |