Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,775,830 | C→T | 37.3% | D86N (GAT→AAT) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,775,830 | 0 | C | T | 37.3% | 392.7 / inf | 368 | D86N (GAT→AAT) | ypjA | adhesin‑like autotransporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/113); new base T (65/72); total (183/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 372 total aligned reads displayed.
CCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCAA > CP009273/2775682‑2775979 | ccATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCt < 1:3848754/150‑1 (MQ=255) ccATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCt > 2:2588305/1‑150 (MQ=255) ccATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCt < 2:2220939/150‑1 (MQ=255) 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aCCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATTTTGATATccacc > 2:1474812/1‑150 (MQ=255) aCCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATccacc > 2:1205791/1‑150 (MQ=255) aCCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGAACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTCTTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATTATGAAATccacc > 2:2679619/1‑150 (MQ=255) ccTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATTTTGATATCCACCAGAt < 1:4439670/150‑1 (MQ=255) ccTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATTTTGATATCCACCAGAt < 1:2572698/150‑1 (MQ=255) cTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATTTTGATATCCACCAGAtt < 2:1000660/150‑1 (MQ=255) ttATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCa < 1:1145228/150‑1 (MQ=255) ataAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAAt < 2:5508578/150‑1 (MQ=255) taAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATa < 2:5037400/150‑1 (MQ=255) aaCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAg > 1:3202931/1‑150 (MQ=255) 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tattatTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATTTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCa > 1:4311214/1‑150 (MQ=255) tattatTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCa < 1:4463479/150‑1 (MQ=255) tattatTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCa > 1:1567876/1‑150 (MQ=255) tattatTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCa < 1:2971532/150‑1 (MQ=255) tattaGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACtt > 2:4225566/1‑150 (MQ=255) 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atatTTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACcaca < 1:2774716/150‑1 (MQ=255) atatCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGAATAAcaca > 2:3899252/1‑150 (MQ=255) | CCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCAA > CP009273/2775682‑2775979 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |