| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,777,166 | A→T | 9.5% | pseudogene (1205/1374 nt) | ypjC ← | pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,777,166 | 0 | A | T | 9.5% | 1164.1 / 88.9 | 346 | pseudogene (1205/1374 nt) | ypjC | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (157/154); new base T (17/16); total (176/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
AACTTGATACAACGGGACTAGTCACAACAGGACTATTCTCAACGGGATCATCCTCAGAGGAACTATCATCAAAGTCATCATCCATAAATAAAATATCATCGAATGGTGCCACGCCCGTGATGAGTTTTATTTTATTATTACGATCAGTCAATACTCCACTTAAACCGTTTTCGCTCACAGGTTTTAATGATTTTTCATTACTCTTGTTGTAAGCAGGCGCATTAAAAATACACGGAGTATCAACATCAAACAATGACGTTCCCCAGTTCACATATTGAATATCATAGTTACTGAAGTTC > CP009273/2777017‑2777315 | aaCTTGATACAACGGGACTAGTCACAACAGGACTATTCTCAACGGGATCATCCTCAGAGGAACTATCATCAAAGTCATCATCCATAAATAAAATATCATCGAATGGTGCCACGCCCGTGATGAGTTTTATTTTATTATTACGATCAGTCa > 1:4211834/1‑150 (MQ=255) tGATACAACGGGACTAGTCACAACAGGACTATTCTCAACGGGATCATCCTCAGAGGAACTATCATCAAAGTCATCATCCATAAATAAAATATCATCGAATGGTGCCACGCCCGTGATGAGTTTTATTTTATTATTACGATCAGTCAATAc > 2:2961261/1‑150 (MQ=255) gATACAACGGGACTAGTCACAACAGGACTATTCTCAACGGGATCATCCTCAGAGGAACTATCATCAAAGTCATCATCCATAAATAAAATATCATCGAATGGTGCCACGCCCGTGATGAGTTTTATTTTATTATTACGATCAGTCAATACt < 1:1038111/150‑1 (MQ=255) aTACAACGGGACTAGTCACAACAGGACTATTCTCAACGGGATCATCCTCAGAGGAACTATCATCAAAGTCATCATCCATAAATAAAATATCATCGAATGGTGCCACGCCCGTGATGAGTTTTATTTTATTATTACGATCAGTCAATACTc > 1:1595850/1‑150 (MQ=255) cAACGGGACTAGTCACAACAGGACTATTCTCAACGGGATCATCCTCAGAGGAACTATCATCAAAGTCATCATCCATAAATAAAATATCATCGAATGGTGCCACGCCCGTGATGAGTTTTATTTTATTATTACGATCAGTCAATACTCCAc > 1:4885338/1‑150 (MQ=255) cAACGGGACTAGTCACAACAGGACTATTCTCAACGGGATCATCCTCAGAGGAACTATCATCAAAGTCATCATCCATAAATAAAATATCATCGAATGGTGCCACGCCCGTGATGAGTTTTATTTTATTATTACGATCAGTCAATACTCCAc > 1:5548025/1‑150 (MQ=255) ggACTAGTCACAACAGGACTATTCTCAACGGGATCATCCTCAGAGGAACTATCATCAAAGTCATCATCCATAAATAAAATATCATCGAATGGTGCCACGCCCGTGATGAGTTTTATTTTATTATTACGATCAGTCTATACTCCACTTaaa < 1:3852938/150‑1 (MQ=255) ggACTAGTCACAACAGGACTATTCTCAACGGGATCATCCTCAGAGGAACTATCATCAAAGTCATCATCCATAAATAAAATATCATCGAATGGTGCCACGCCCGTGATGAGTTTTATTTTATTATTACGATCAGTCAATACTCCACTTaaa < 1:3975900/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |