| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,316,300 | C→A | 5.2% | R377L (CGT→CTT) | glmM ← | phosphoglucosamine mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,316,300 | 0 | C | A | 5.2% | 1262.4 / 30.8 | 326 | R377L (CGT→CTT) | glmM | phosphoglucosamine mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (135/174); new base A (4/13); total (139/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
CTTCGCCTTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCCGCTACCTGCGGTGTAACGTACGTTAACCAGAATCTGCGGGAACATTTTCATGCCGCTGCAAAGGTCGTGCAGGCTCATATGGTTACGTGCCATCGCCGCCAGCACCTGCAAGCCAGCAACGATGCCGTCACCGGTAGTAGTTTTATCCAGCAGGATCACATGA > CP009273/3316151‑3316446 | cTTCGCCTTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCCGCTACCTGCGGTGTAac < 1:5224135/150‑1 (MQ=255)cTTCGCCTTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCCGCTACCTGCGGTGTAac < 2:1869988/150‑1 (MQ=255) atCGCCTTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCCGCTACCTGCGGTGTAacg < 1:984069/149‑1 (MQ=255) 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tgtAACGTACGTTAACCAGAATCTGCGGGAACATTTTCATGCCGCTGCAAAGGTCGTGCAGGCTCATATGGTTACGTGCCATCGCCGCCAGCACCTGCAAGCCAGCAACGATGCCGTCACCGGTAGTAGTTTTATCCAGCAGGATCACAt < 1:1177296/150‑1 (MQ=255) gtAACGTACGTTAACCAGAATCTGCGGGAACATTTTCATGCCGCTGCAAAGGTCGTGCAGGCTCATATGGTTACGTGCCATCGCCGCCAGCACCTGCAAGCCAGCAACGATGCCGTCACCGGTAGTAGTTTTATCCAGCAGGATCACATg > 1:1933451/1‑150 (MQ=255) | CTTCGCCTTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCCGCTACCTGCGGTGTAACGTACGTTAACCAGAATCTGCGGGAACATTTTCATGCCGCTGCAAAGGTCGTGCAGGCTCATATGGTTACGTGCCATCGCCGCCAGCACCTGCAAGCCAGCAACGATGCCGTCACCGGTAGTAGTTTTATCCAGCAGGATCACATGA > CP009273/3316151‑3316446 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |