| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 248,470 | A→C | 13.4% | intergenic (+30/‑22) | dinB → / → yafN | DNA polymerase IV/antitoxin of the YafO‑YafN toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 248,470 | 0 | A | C | 13.4% | 799.9 / 127.0 | 304 | intergenic (+30/‑22) | dinB/yafN | DNA polymerase IV/antitoxin of the YafO‑YafN toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (113/150); new base C (20/21); total (133/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
ATCGCCACCGCGCGTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTG > CP009273/248321‑248618 | cGCCACCGCGCGTAAACCCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCctt < 2:5019824/150‑1 (MQ=255) cGCCACCGCGCGTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCatt < 1:1391094/150‑1 (MQ=255) gCCACCGCGCGTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCatta < 2:1148608/150‑1 (MQ=255) 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aCTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCg < 1:4182768/150‑1 (MQ=255) cTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGc > 1:1656740/1‑150 (MQ=255) agtctGTATATTCTGGTGTGCATGATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCCGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGccc < 2:4042152/146‑1 (MQ=255) tGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCa < 1:2774544/150‑1 (MQ=255) gTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAg > 2:4393240/1‑150 (MQ=255) tataTTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAgg > 2:265876/1‑150 (MQ=255) cTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATAtct > 2:5309863/1‑150 (MQ=255) tGGTGTGCCTTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATAtctc > 1:1262233/1‑150 (MQ=255) tGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATAtctc < 2:2238741/150‑1 (MQ=255) gtgtGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCtt < 1:5503265/150‑1 (MQ=255) tgtgCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTa < 2:3267574/150‑1 (MQ=255) tgCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAg < 1:1452023/150‑1 (MQ=255) | ATCGCCACCGCGCGTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTG > CP009273/248321‑248618 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |