| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,609,368 | T→A | 7.5% | F256L (TTT→TTA) | nikB → | nickel transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,609,368 | 0 | T | A | 7.5% | 1240.2 / 66.8 | 365 | F256L (TTT→TTA) | nikB | nickel transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (166/169); new base A (11/17); total (177/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
CACGTCACCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCAT > CP009273/3609219‑3609517 | cacgtcacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCttt > 2:520369/1‑150 (MQ=255) tcacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCt < 2:481380/150‑1 (MQ=255) tcacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTAGCCt > 1:5505454/1‑150 (MQ=255) cacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTg < 1:5380155/150‑1 (MQ=255) acCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTgg > 2:1840159/1‑150 (MQ=255) acCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTgg < 2:2434044/150‑1 (MQ=255) acCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTgg < 2:3120853/150‑1 (MQ=255) tGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCg < 2:113418/150‑1 (MQ=255) gcgcGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGc > 1:3580427/1‑150 (MQ=255) gcgTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGt < 2:5627206/150‑1 (MQ=255) gTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCg < 2:2598704/150‑1 (MQ=255) gTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCg < 2:4611940/150‑1 (MQ=255) ggcgcGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGgc < 2:4838375/149‑1 (MQ=255) gcgGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCt < 2:3809957/150‑1 (MQ=255) gcgGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCt < 1:3422448/150‑1 (MQ=255) ggCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTAt < 1:536311/150‑1 (MQ=255) ggCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTAt < 1:4343044/150‑1 (MQ=255) gCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATg > 1:3449632/1‑150 (MQ=255) ccTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGc > 2:1330120/1‑150 (MQ=255) ccTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGc > 2:2374017/1‑150 (MQ=255) ccTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGc < 2:3705833/150‑1 (MQ=255) cTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCg > 1:1298639/1‑150 (MQ=255) tGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCgg < 1:5054757/150‑1 (MQ=255) 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gACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGAGTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGAtttt > 2:4300646/1‑150 (MQ=255) aCCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGAttttt > 1:5594643/1‑150 (MQ=255) aCCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGAttttt < 2:1540821/150‑1 (MQ=255) ccGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTAGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTa < 2:2829582/150‑1 (MQ=255) cGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTaa > 1:1985441/1‑150 (MQ=255) 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aaTGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAg > 2:3300767/1‑150 (MQ=255) cTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCtt < 1:1075203/150‑1 (MQ=255) cGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTa < 2:3448432/150‑1 (MQ=255) cGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTAGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTa > 1:4646792/1‑150 (MQ=255) gCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCt > 1:3825032/1‑150 (MQ=255) 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cGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGAttt > 1:1802235/1‑150 (MQ=255) gggACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTg > 1:4302249/1‑150 (MQ=255) gggACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTg > 1:4684642/1‑150 (MQ=255) gggACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTg > 1:2157075/1‑150 (MQ=255) gACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCt < 2:2198121/150‑1 (MQ=255) 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tGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCAt > 2:4676535/1‑150 (MQ=255) tGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCAt > 1:1145055/1‑150 (MQ=255) | CACGTCACCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCAT > CP009273/3609219‑3609517 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |