Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,622,519 | C→A | 40.9% | R127L (CGA→CTA) | rbbA ← | ribosome‑associated ATPase: ATP‑binding protein/ATP‑binding membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,622,519 | 0 | C | A | 40.9% | 352.8 / inf | 332 | R127L (CGA→CTA) | rbbA | ribosome‑associated ATPase: ATP‑binding protein/ATP‑binding membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (101/95); new base A (71/65); total (172/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
CGTTGTTGGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAGGTTTTTGCCCAGCCCCTGCGGCATCCAGGCGATGCGCGGGCAGACGTCGCGGCGATGCTTCGGGTC > CP009273/3622371‑3622667 | gttgttGGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGc > 2:4866521/1‑150 (MQ=255) gttgGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGCTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACt > 2:2789454/1‑150 (MQ=255) tgGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTc < 1:3336639/150‑1 (MQ=255) tgGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTc < 1:2703459/150‑1 (MQ=255) ggCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTcc > 2:23118/1‑150 (MQ=255) gCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTccc > 2:7161/1‑150 (MQ=255) gCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTccc < 2:1535828/150‑1 (MQ=255) catcaAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTCccgct > 1:1896792/1‑150 (MQ=255) atcaAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCccgctc > 1:619724/1‑150 (MQ=255) tcaAGGATCAACAGGTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTCccgctcc < 2:3449314/150‑1 (MQ=255) aaGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCccgctccgc > 1:1709203/1‑150 (MQ=255) aGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCccgctccgct > 1:4668516/1‑150 (MQ=255) aGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTCccgctccgct > 2:1011649/1‑150 (MQ=255) gATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTCCCGCTCCGCttt > 2:44567/1‑150 (MQ=255) aaCAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTGTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCg < 2:3330089/150‑1 (MQ=255) aCAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGt > 1:4198574/1‑150 (MQ=255) aCAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGt > 1:5122043/1‑150 (MQ=255) aCAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGt > 1:5584108/1‑150 (MQ=255) 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caGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGtt > 2:342567/1‑150 (MQ=255) aGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGttt > 1:1487066/1‑150 (MQ=255) aGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGttt > 1:1909721/1‑150 (MQ=255) gCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGtttt > 1:1289000/1‑150 (MQ=255) cccAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTc < 2:1044523/150‑1 (MQ=255) cccAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTc < 1:2630204/150‑1 (MQ=255) ccAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCa < 2:3146346/150‑1 (MQ=255) aaGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATa < 1:1534277/150‑1 (MQ=255) gTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCTCTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATaca > 1:2215036/1‑150 (MQ=255) ttttGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACAcc < 2:2407334/150‑1 (MQ=255) 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cgGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTaga > 1:5394595/1‑150 (MQ=255) gagaGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAgg > 1:4904027/1‑150 (MQ=255) gagaGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAgg < 2:1338752/150‑1 (MQ=255) gagTTTCCCTGCCGGACGATCGCGATACGGTGCTATCCCGGTGCTGGTCATCAGCTCATTGATTCGCAATTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAGGtt < 2:1419016/150‑1 (MQ=255) gagTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAGGtt < 2:3771599/150‑1 (MQ=255) 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ttGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAGGTTTTTGCCCAGCCCCTGCGGCATCCAGGCGATGCGCGGGCAGACGTCGCGGCGATGCTTc < 1:2377682/150‑1 (MQ=255) tGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTGTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAGGTTTTTGCCCAGCCCCTGCGGCATCCAGGCGATGCGCGGGCAGACGTCGCGGCGATGCTTCg > 2:5436725/1‑150 (MQ=255) | CGTTGTTGGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAGGTTTTTGCCCAGCCCCTGCGGCATCCAGGCGATGCGCGGGCAGACGTCGCGGCGATGCTTCGGGTC > CP009273/3622371‑3622667 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |