Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,679,324 | C→A | 82.6% | M1070I (ATG→ATT) | bcsC ← | cellulose synthase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,679,324 | 0 | C | A | 82.6% | 781.1 / 183.2 | 329 | M1070I (ATG→ATT) | bcsC | cellulose synthase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/28); new base A (150/121); total (180/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 349 total aligned reads displayed.
TGCTGGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGACGCACCCAGCTCCCACGACCAGTTTTCCGTGCGCTCCCGCCACATCACCGGTATGGCAAACGACAGGTATTCCTGCGGACTGTAGTAACCGCCC > CP009273/3679175‑3679471 | gctgGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATtca < 2:4155780/150‑1 (MQ=255) ctgGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATtaat < 1:3708963/150‑1 (MQ=255) ggATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATtaatca < 1:5168906/150‑1 (MQ=255) gATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAg < 1:5382668/150‑1 (MQ=255) gATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACAGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAg < 2:2433255/150‑1 (MQ=255) tatCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCg < 2:3441041/150‑1 (MQ=255) cAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGAt > 2:362858/1‑150 (MQ=255) aaTTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATa > 2:5478119/1‑150 (MQ=255) aaTTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATa < 1:3967060/150‑1 (MQ=255) aaTTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATa > 1:14610/1‑150 (MQ=255) aaTTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATa > 1:2832186/1‑150 (MQ=255) aTTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATaa < 1:4542636/150‑1 (MQ=255) aTTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCAGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGCTCAGATTCATCAGCGGATaa > 2:3341854/1‑150 (MQ=255) ccGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAAcgcg < 1:3103059/150‑1 (MQ=255) gCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCAt > 2:3101098/1‑150 (MQ=255) caacaaACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATAACGCGGCATgg > 1:4435432/1‑150 (MQ=255) acaaACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGtt < 1:785781/150‑1 (MQ=255) caaACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGttt < 2:1974974/150‑1 (MQ=255) aaaCCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGtttt > 2:4614283/1‑150 (MQ=255) aaaCCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGtttt < 1:1832125/150‑1 (MQ=255) aaCCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTg < 1:1881936/150‑1 (MQ=255) ccAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCACGCAGCTGCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGAGCAGATTAATCAGCGGATCACGCGGCATGGTGTTGGt > 2:4288854/1‑150 (MQ=255) cAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGGAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTg < 2:4787314/150‑1 (MQ=255) aGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGc > 2:1611982/1‑150 (MQ=255) ttGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGt > 1:3981277/1‑150 (MQ=255) gAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGaa > 1:1033592/1‑150 (MQ=255) aGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATg < 2:5186652/150‑1 (MQ=255) aGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATg < 1:3039908/150‑1 (MQ=255) aaCACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGa > 1:2476872/1‑150 (MQ=255) acacGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGAc < 2:5006603/150‑1 (MQ=255) acacGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGAc < 1:2168613/150‑1 (MQ=255) aaGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGa < 1:2916843/150‑1 (MQ=255) aGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGTTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGAc > 2:3707571/1‑150 (MQ=255) aGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGAc > 2:2222141/1‑150 (MQ=255) aGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGAc > 2:2509214/1‑150 (MQ=255) aGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGAc > 2:3686959/1‑150 (MQ=255) gcgcCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGACGCACCCAGCt > 1:3797949/1‑150 (MQ=255) cgcCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTAATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGACGCACCCAGCTc < 1:4596671/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |