Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,738,431 | C→A | 83.0% | P90T (CCA→ACA) | yiaN → | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,738,431 | 0 | C | A | 83.0% | 759.4 / 179.4 | 329 | P90T (CCA→ACA) | yiaN | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/24); new base A (134/136); total (168/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 |
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
TCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGAGCCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGGTCAACCGGGCGGCGGGGCT > CP009273/3738282‑3738579 | cAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACa > 2:717404/1‑150 (MQ=255) cAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACa < 2:4696884/150‑1 (MQ=255) aGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAg < 1:3185588/150‑1 (MQ=255) aTGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCggg < 2:2158444/150‑1 (MQ=255) aTGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCggg > 1:4134360/1‑150 (MQ=255) aaaCGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCgggctgggct > 1:449590/1‑150 (MQ=255) aaaCGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCATTGTGCTGGCCGGAGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGAAGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCgggctgggct > 2:5658718/1‑150 (MQ=255) tGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCg < 2:5163087/150‑1 (MQ=255) tGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCg > 1:1553670/1‑150 (MQ=255) gAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGt > 1:796355/1‑150 (MQ=255) gAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGt < 1:861197/150‑1 (MQ=255) gAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGt < 1:3705828/150‑1 (MQ=255) gAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCAGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGt > 2:3473651/1‑150 (MQ=255) aaCGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTg > 1:4567755/1‑150 (MQ=255) aCGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGc < 1:1047590/150‑1 (MQ=255) ggAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTg > 1:1662449/1‑150 (MQ=255) aGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGc > 1:1177071/1‑150 (MQ=255) gCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCa < 2:33921/150‑1 (MQ=255) 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aGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATg < 1:1453383/150‑1 (MQ=255) aGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATg > 1:1926336/1‑150 (MQ=255) ttCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGAtt > 2:3036818/1‑150 (MQ=255) gtctcCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGAtt < 2:3367575/149‑1 (MQ=255) tctcCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTa > 1:1298536/1‑150 (MQ=255) ctcCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTAt > 1:5243411/1‑150 (MQ=255) cccTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTATgg < 1:2023860/150‑1 (MQ=255) cccTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTATgg < 1:3614026/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGc < 1:4807957/150‑1 (MQ=255) tgctgGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGa < 1:3938200/150‑1 (MQ=255) 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aTAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGAGCCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGGTCAACCGGGcggcgg < 2:2911022/150‑1 (MQ=255) aaaaCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGAGCCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGGTCAACCGGGCGGCgggg < 1:516237/150‑1 (MQ=255) | TCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGAGCCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGGTCAACCGGGCGGCGGGGCT > CP009273/3738282‑3738579 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |