| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 283,278 | A→T | 9.0% | Y260F (TAC→TTC) | yagH → | CP4‑6 prophage; putative xylosidase/arabinosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 283,278 | 0 | A | T | 9.0% | 1072.6 / 75.9 | 323 | Y260F (TAC→TTC) | yagH | CP4‑6 prophage; putative xylosidase/arabinosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (146/146); new base T (12/17); total (160/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
CGCCGTCGTGGTGCTGCGTTCCAAAAATATCGACGGGCCGTACGAGCTGCACCCGGACGTAACGATGATGACCAGCTGGCACCTGCCGGAGAACCCGCTGCAGAAGAGCGGCCACGGCTCGCTGCTGCAGACGCATACGGGTGAATGGTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAGGCGGCAAG > CP009273/283129‑283426 | cGCCGTCGTGGTGCTGCGTGCCAATCAGATCGCCGGGCCGTACGAGCTGCACCCGGACGTAACGATGATGACCCGCTGGCACCTGCCGGAGAACCCGCTGCAGAAGAGCGGCCACGGCTCGCTGCTGCAGACGCATACGGGTGAATGGTa < 2:4333224/150‑1 (MQ=255) ctgtagtggttCTGCGTTCCAAAAATATCGACGGGCCGTAAGATCTGCACCCGGACGTCACGTTGAGGACCAGAGGGGACCTGCCGGAGAACCCGCTGCAGTAGATCGGCCACGGCTATCTGCTGCAGACGCATACGGGTGAATGGTAct < 2:4510048/145‑2 (MQ=255) gtcgtGGTGCTGCGTTCCAAAAATATCGACGGGCCGTACGAGCTGCACCCGGACGTAACGATGATGACCAGCTGGCACCTGCCGGAGAACCCGCTGCAGAAGAGCGGCCACGGCTCGCTGCTGCAGACGCATACGGGTGAATGGTACATg < 1:4396812/150‑1 (MQ=255) 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tACGGGTGAATGGTTCATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGt < 1:2518134/150‑1 (MQ=255) gggTGAATGGTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGa > 1:2721260/1‑150 (MQ=255) gggTGAATGGTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGa > 2:5013415/1‑150 (MQ=255) ggTGAATGGTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGaa > 1:3980685/1‑150 (MQ=255) gTGAATGGTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAg > 2:1217858/1‑150 (MQ=255) tGAATGGTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAgg > 2:2534580/1‑150 (MQ=255) gAATGGTTCATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAggc < 1:5367999/150‑1 (MQ=255) gAATGGTTCATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAggc < 1:3661804/150‑1 (MQ=255) gAATGGTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAggc < 2:4960911/150‑1 (MQ=255) aaTGGTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAggcg > 2:5030630/1‑150 (MQ=255) aaTGGTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAggcg > 2:2206879/1‑150 (MQ=255) ggTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAGGCGGCa > 2:5311157/1‑150 (MQ=255) ggTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAGGCGGCa < 1:986908/150‑1 (MQ=255) gTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAGGCGGCaa < 2:110641/150‑1 (MQ=255) gTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAGGCGGCaa > 2:5554771/1‑150 (MQ=255) tACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCGGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAGGCGGCAAg < 1:5038013/150‑1 (MQ=255) tACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAGGCGGCAAg < 1:3378943/150‑1 (MQ=255) | CGCCGTCGTGGTGCTGCGTTCCAAAAATATCGACGGGCCGTACGAGCTGCACCCGGACGTAACGATGATGACCAGCTGGCACCTGCCGGAGAACCCGCTGCAGAAGAGCGGCCACGGCTCGCTGCTGCAGACGCATACGGGTGAATGGTACATGGCCTACCTCACCAGCCGCCCGCTGCGCCTGCCCGGCGTGCCGCTGCTGGCCTCCGGCGGACGCGGCTACTGCCCGCTGGGGCGCGAGACCGGCATCGCCCGCATTGAATGGCGCGACGGCTGGCCGTACGTGGAAGGCGGCAAG > CP009273/283129‑283426 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |