| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,888,527 | G→T | 37.4% | L172L (CTG→CTT) | chrR → | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,888,527 | 0 | G | T | 37.4% | 381.0 / inf | 294 | L172L (CTG→CTT) | chrR | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (85/99); new base T (53/57); total (138/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
GGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGC > CP009273/3888378‑3888676 | ggcgCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTg < 1:106725/150‑1 (MQ=255) gcgcgcTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGAcc < 1:3560664/150‑1 (MQ=255) gcTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGc > 2:2794226/1‑150 (MQ=255) 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cACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTTACCGGGCAATTGACCGCa > 2:3918389/1‑150 (MQ=255) ccTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGGGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCAtt > 1:748489/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTTACCGGGCAATTGACCGCATTTgg < 1:3374953/150‑1 (MQ=255) cgcCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGt > 2:2615578/1‑150 (MQ=255) cgcCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGt > 2:3442080/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |