| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,915,397 | A→C | 8.5% | N5K (AAT→AAG) | atpB ← | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,915,397 | 0 | A | C | 8.5% | 1036.8 / 76.9 | 334 | N5K (AAT→AAG) | atpB | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (155/150); new base C (19/10); total (174/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
AACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAACACCAACATC > CP009273/3915248‑3915546 | aacaGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCata > 2:1838489/1‑150 (MQ=255)aacaGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCata > 1:3671093/1‑150 (MQ=255) acaGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGTTTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCTGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCatat > 2:3687299/1‑150 (MQ=255) caGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCtt > 2:3446421/1‑150 (MQ=255) caGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATAtt < 1:1720407/150‑1 (MQ=255) aGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATAttt > 1:3486234/1‑150 (MQ=255) aGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGaa > 1:3563825/1‑150 (MQ=255) caccacCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGc > 1:2340521/1‑150 (MQ=255) accaccGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCTGAAGcc < 2:4940392/150‑1 (MQ=255) accaccGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGcc < 1:4113100/150‑1 (MQ=255) ccaccGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCa < 2:271366/150‑1 (MQ=255) caccGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCTGAAGCCat > 1:3691359/1‑150 (MQ=255) cGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCTGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCatgat < 1:5400298/150‑1 (MQ=255) cGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCatgat < 2:2152239/150‑1 (MQ=255) cGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCatgat < 2:759246/150‑1 (MQ=255) gcgaagaaCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCatgatg < 2:2269277/148‑1 (MQ=255) gagaAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCatgatg < 1:1291106/150‑1 (MQ=255) agaagaACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGc > 2:313034/1‑150 (MQ=255) gaagaaCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGcc > 1:1003002/1‑150 (MQ=255) gaagaaCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGcc < 2:1608001/150‑1 (MQ=255) gaaCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATTCCttt > 1:5113051/1‑150 (MQ=255) gaaCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCttt > 2:1320986/1‑150 (MQ=255) aaCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCtttt < 2:3547158/150‑1 (MQ=255) aCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTa < 1:5030794/150‑1 (MQ=255) aCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTa < 2:933002/150‑1 (MQ=255) tGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTAccc < 2:3353107/150‑1 (MQ=255) ggAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCt > 1:1755671/1‑150 (MQ=255) ggAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCt < 1:2668404/150‑1 (MQ=255) ggAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCt < 1:2668134/150‑1 (MQ=255) gAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCtt < 1:3943234/150‑1 (MQ=255) gTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttg > 1:1494736/1‑150 (MQ=255) aaTATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttgttg > 1:2608168/1‑150 (MQ=255) attgattgTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTa > 2:550887/1‑150 (MQ=255) tCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGc < 2:1480789/150‑1 (MQ=255) ccAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGcc < 2:5034785/150‑1 (MQ=255) aGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCgg < 2:4875673/150‑1 (MQ=255) gAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGt > 1:3321848/1‑150 (MQ=255) gAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGt < 1:1109561/150‑1 (MQ=255) tGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAg < 1:786914/150‑1 (MQ=255) tGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAg > 2:4315277/1‑150 (MQ=255) tGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAAGTACAGCCGGTGCCAg > 1:2970489/1‑150 (MQ=255) cTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTAt < 1:2214067/150‑1 (MQ=255) cTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTAt > 2:5525551/1‑150 (MQ=255) cTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTAt < 1:578450/150‑1 (MQ=255) cTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTAt > 2:2863527/1‑150 (MQ=255) tGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATc > 1:2589451/1‑150 (MQ=255) tGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATc < 2:5354844/150‑1 (MQ=255) tGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATc < 1:1534313/150‑1 (MQ=255) ggggggTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCt > 1:1992781/1‑150 (MQ=255) ggggggTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCt < 2:4616604/150‑1 (MQ=255) gggggTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTg < 2:119103/150‑1 (MQ=255) gggggTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTg > 2:678925/1‑150 (MQ=255) ggggTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGa > 2:2010918/1‑150 (MQ=255) gTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAacc < 2:4118023/150‑1 (MQ=255) gTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAacc < 2:3778186/150‑1 (MQ=255) ttttGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAacc‑a > 2:5472482/1‑150 (MQ=255) gATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCAc > 1:5440900/1‑150 (MQ=255) ccaGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAAc < 2:3035894/150‑1 (MQ=255) caGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAAcc > 1:3083154/1‑150 (MQ=255) gagaATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACg > 2:3264097/1‑150 (MQ=255) gCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCa > 1:5519262/1‑128 (MQ=255) cAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGc < 1:595313/150‑1 (MQ=255) aGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCg > 2:5325699/1‑150 (MQ=255) aGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCg > 2:4020956/1‑150 (MQ=255) tCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCa < 1:5048064/150‑1 (MQ=255) ccAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCGCCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCaa < 2:5175389/150‑1 (MQ=255) cAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAg > 1:407249/1‑150 (MQ=255) aGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGa < 1:3356569/150‑1 (MQ=255) cTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAAt < 1:1613188/150‑1 (MQ=255) tGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCTGCGGCAAGAATa > 1:4817841/1‑150 (MQ=255) gAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATAc > 2:5630444/1‑150 (MQ=255) aGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCg > 1:3168340/1‑150 (MQ=255) gTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGcc < 2:4381560/150‑1 (MQ=255) gTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGcc > 2:2516536/1‑150 (MQ=255) gTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGcc < 1:3684911/150‑1 (MQ=255) ttATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCt < 1:3797508/150‑1 (MQ=255) ttATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCt < 1:1194992/150‑1 (MQ=255) aTTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCttt < 1:1455059/150‑1 (MQ=255) ttCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTa < 1:4849875/150‑1 (MQ=255) cAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTaaa < 2:483405/150‑1 (MQ=255) gtggtgTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAAcc < 2:3605850/150‑1 (MQ=255) tggtgTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCg > 1:843898/1‑150 (MQ=255) ggtgTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGc > 1:1161865/1‑150 (MQ=255) gtgtCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGcc < 1:4503461/150‑1 (MQ=255) tCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAAc < 2:2608168/150‑1 (MQ=255) ccTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACg < 1:2075170/150‑1 (MQ=255) aTGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGcca > 1:365710/1‑150 (MQ=255) aTGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGcca < 2:1716908/150‑1 (MQ=255) gTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGccacc > 1:4276787/1‑150 (MQ=255) gTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGccacc > 1:5277205/1‑150 (MQ=255) aTCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGccaccacc > 2:2203944/1‑150 (MQ=255) tCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGccaccacca < 1:4448288/150‑1 (MQ=255) ccatcggcgTCAAATTTTCTTCATGCATTTTGCCATTTAACCTTTTTTTGTTATTACAGCCGGTGGCATGATCTTCACCAACCTCAACAAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGccaccacca < 1:4672468/146‑1 (MQ=255) cTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGt > 1:1893132/1‑150 (MQ=255) tGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTa < 2:1275692/150‑1 (MQ=255) cggcgTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAac > 2:2443368/1‑150 (MQ=255) gTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAACACCa > 2:296756/1‑150 (MQ=255) atatTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAACACCAACa > 1:3264188/1‑150 (MQ=255) atTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAACACCAACATc < 1:1838489/150‑1 (MQ=255) atTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAACACCAACATc < 1:1026724/150‑1 (MQ=255) | AACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACC‑ACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAACACCAACATC > CP009273/3915248‑3915546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |