| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,952,817 | T→G | 6.6% | intergenic (+12/+75) | ilvC → / ← ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,952,817 | 0 | T | G | 6.6% | 804.1 / 9.8 | 311 | intergenic (+12/+75) | ilvC/ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (133/149); new base G (23/6); total (156/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
TATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGG > CP009273/3952670‑3952966 | ccGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTc < 1:3823976/150‑1 (MQ=255) cGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAAATGCGTGATGTGAACTAAGCTATTCGCAGCCATGCTATTGAGATGGTAGGTAAGAAACTGCGCTGCTATATGACAGATATGAAAAGTATTGCTGTTGCGGGTAAAGTGCGCGCTGATGCCcaca > 1:601274/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCAcc > 2:415919/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGAGTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCAcc > 2:1866689/1‑150 (MQ=255) aaGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCGCAccc > 1:3047041/1‑150 (MQ=255) aGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCAcccc > 2:1870150/1‑150 (MQ=255) cgcgGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGAc < 1:5249869/150‑1 (MQ=255) ggTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCct > 2:848047/1‑150 (MQ=255) 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atatGAAACGTAGTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATc < 2:1149936/150‑1 (MQ=255) caccGTAGTGCTGGTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTAGTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGAGATCCGAAc < 2:3021244/147‑1 (MQ=38) gTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCACAACCACAGGGAGAGGGAGAAAACAAAAAAGGCCATATCCAGGAGTAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCATAATGATGTGATATACCAACTggg > 1:1327596/1‑150 (MQ=37) aTTGCTGTTGCGGGTTACGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCGCCCACCGGGAGAGGGAGAAACCACTCAAGGCCGTCGCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGGTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATCTCCGACCTGGgtg < 2:5110798/150‑1 (MQ=37) aTTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGgtg < 1:3154697/150‑1 (MQ=255) tGCTGGTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCGTCGCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGtgtg < 2:1232331/150‑1 (MQ=255) cTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATTCCCACACCCCCACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAAAACACAATGCCATAAACTGGAGAAGGACTTTCTATTTTTTTCGGGACAGCACCATAATGAATTTATATCCAAACTGGGtttgaa > 2:1597343/1‑148 (MQ=16) cTGTTGCGGGTTAAGGGCGCGCGGATGCCCTCACCCCGCCCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGGACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGACCTGGGTGTGCa < 2:4805366/150‑1 (MQ=38) tGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCGAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAg < 1:804943/150‑1 (MQ=255) gTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGGGAGGGAGAAAACACTCAATGCCTTATCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTACTTTCGGTACAGCACCATAATGATGTGATATACGAACTGGGTGTGCatc > 2:5368081/1‑148 (MQ=38) gTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGc < 2:5451992/150‑1 (MQ=255) gTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGAGGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAAAACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATACGAACTGGGTGTGCatc > 2:4434366/1‑148 (MQ=255) gCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCggg < 1:3073023/150‑1 (MQ=255) tAAGTGCGCGCTGATGCCCTCCCCCCCACCCGCACCCACAGGGAGAGGGAGAAAACAAACAATGCCAAATCCAGGAGAAGGCCAGTCGATTAGTTGCGGTACAGCCCCATAATGAAGTGATATCCCAAAAGGGGGTTCAGCGGGCCCGTc > 2:1976501/1‑150 (MQ=16) tAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCGGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCCCCATAATGATTTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTc > 2:4694665/1‑150 (MQ=255) gacgTGCGCGCGGATGCCCACACCCCGCCCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAACGCCCGCCCCGGGAGAAGGCCTAGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGCTATCCGAACTGGGGGTCCAGCGGGCCGGTc < 2:5639811/147‑1 (MQ=25) gcTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGt > 2:737386/1‑150 (MQ=255) gATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTAcc < 1:4655530/150‑1 (MQ=255) gATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTAcc < 2:554721/150‑1 (MQ=255) gATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTAcc < 1:5594857/150‑1 (MQ=255) aTGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCg < 1:1943975/150‑1 (MQ=255) aTGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCg > 2:2052635/1‑150 (MQ=255) | TATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGG > CP009273/3952670‑3952966 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |