| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,271,152 | G→T | 9.8% | M415I (ATG→ATT) | yjcE → | putative cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,271,152 | 0 | G | T | 9.8% | 1102.4 / 67.1 | 307 | M415I (ATG→ATT) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (119/158); new base T (12/18); total (131/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
TTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTCGCGGATCATTCGCAACAATTGAAAGAGGAACGTATTGCGCGAGCGGCAACGGCAGAAGTGGCGATTGTGGCGATCCAGAAAATGGAGGAGCGTCTGGCGGCGGATACCGAAGAGAATAT > CP009273/4271003‑4271301 | tCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGt < 1:4361544/150‑1 (MQ=255) cGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTTATGtt > 2:3502526/1‑150 (MQ=255) gCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGAGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTg > 1:4818698/1‑150 (MQ=255) 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ggggCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATTTTGCCTATTCTGCTa > 1:4015360/1‑150 (MQ=255) ggggCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTa > 1:3954312/1‑150 (MQ=255) ggggCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTa < 1:4669053/150‑1 (MQ=255) gggCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTac < 1:4953354/150‑1 (MQ=255) cGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTacaac > 2:2098200/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |