Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,303,256 | G→T | 13.0% | V30V (GTG→GTT) | rpiB → | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,303,256 | 0 | G | T | 13.0% | 1100.3 / 101.5 | 334 | V30V (GTG→GTT) | rpiB | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (161/129); new base T (22/22); total (183/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
AATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGTGATTGATAAAGGAACCTGGTCGTCAGAGCGTACTGATTATCCACATTACGCCAGTCAAGTCGCACTGGCTGTTGCTGGCGGAGAGGTTGATGGCGGGATTTTGATTTGTGGTACTGGCGTCGGTATTTCGATAGCGGCGAACAAGTTTGC > CP009273/4303107‑4303405 | tCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGAACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGtgatt > 2:3435174/1‑150 (MQ=255) cATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGtgattg < 1:3666626/150‑1 (MQ=255) tAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGTGATTGATa < 2:5031630/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |