Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,396,965 | G→T | 5.8% | V165V (GTG→GTT) | rnr → | exoribonuclease R, RNase R |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,396,965 | 0 | G | T | 5.8% | 1108.3 / 28.8 | 289 | V165V (GTG→GTT) | rnr | exoribonuclease R, RNase R |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (145/127); new base T (6/11); total (151/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
AAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCACCAAAGCGGTGGGTAAAATCGTCGAAGTGCTGGG > CP009273/4396816‑4397114 | aaaaCCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTtgtg > 2:2010625/1‑150 (MQ=255) aaCCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGt > 1:5232031/1‑150 (MQ=255) aaCCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGt > 1:5231890/1‑150 (MQ=255) 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ttgGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTcgcc > 2:563354/1‑150 (MQ=255) tCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCAc > 1:1711363/1‑150 (MQ=255) tACTGTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGGTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCACCaaa < 2:5128151/150‑1 (MQ=255) aCTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCACCAAAg < 2:656425/150‑1 (MQ=255) ttACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCACCAAAGCgg > 1:2766958/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |