Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,436,661 | C→A | 14.8% | N911K (AAC→AAA) | tamB → | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,436,661 | 0 | C | A | 14.8% | 1048.8 / 114.4 | 332 | N911K (AAC→AAA) | tamB | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (144/138); new base A (27/23); total (171/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
GCAGCGGGGATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGG > CP009273/4436512‑4436809 | cagcGGGGATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACg > 2:5286091/1‑150 (MQ=255) ggATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAAAGGTATgc < 1:2474805/150‑1 (MQ=255) gTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCg > 1:5303343/1‑150 (MQ=255) 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tGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCt > 2:3823070/1‑150 (MQ=255) gCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCtt < 1:4817890/150‑1 (MQ=255) gCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAAAGGTATGCGCTCGACGCtt < 2:4887627/150‑1 (MQ=255) cTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCgg > 1:2970899/1‑150 (MQ=255) ttGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGt > 1:4456312/1‑150 (MQ=255) 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aaaGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAAAGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTg > 1:4780139/1‑150 (MQ=255) cccGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAAAGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAAt < 2:4920628/150‑1 (MQ=255) gCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTa < 2:3306290/150‑1 (MQ=255) cAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTAc > 1:2948150/1‑150 (MQ=255) ttGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACg < 2:5199869/150‑1 (MQ=255) 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gAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGt > 1:111520/1‑150 (MQ=255) gAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAAAGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGt > 1:1858693/1‑150 (MQ=255) gCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGAt > 2:2351753/1‑150 (MQ=255) cTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATc < 2:1725241/150‑1 (MQ=255) cTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATc < 2:4065637/150‑1 (MQ=255) 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ggTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGt > 1:4636820/1‑150 (MQ=255) tCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTgc < 2:3429141/150‑1 (MQ=255) aCTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTgccgc > 2:1551149/1‑150 (MQ=255) cTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTgccgcc < 1:4592362/150‑1 (MQ=255) cTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTgccgcc < 2:660164/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |