| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 389,725 | G→T | 11.1% | pseudogene (1300/1449 nt) | yaiT → | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 389,725 | 0 | G | T | 11.1% | 1256.6 / 94.7 | 365 | pseudogene (1300/1449 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (191/133); new base T (19/22); total (210/155) | |||||||||||
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Only 100 of 372 total aligned reads displayed.
ACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTAA > CP009273/389576‑389874 | gACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGt > 1:5082889/1‑150 (MQ=255) aGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACt < 1:2559516/150‑1 (MQ=255) cATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGa < 1:4330021/150‑1 (MQ=255) 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aCGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGt < 2:849426/150‑1 (MQ=255) ggTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTaa > 1:3846535/1‑150 (MQ=255) | ACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTAA > CP009273/389576‑389874 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |