| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 401,729 | G→A | 5.4% | intergenic (+51/‑132) | yaiI → / → aroL | UPF0178 family protein/shikimate kinase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 401,729 | 0 | G | A | 5.4% | 1388.4 / 41.8 | 390 | intergenic (+51/‑132) | yaiI/aroL | UPF0178 family protein/shikimate kinase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (194/175); new base A (14/7); total (208/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
CAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACGATGACACAACCTCTTTTT > CP009273/401580‑401878 | cggACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTAt > 2:3714858/1‑150 (MQ=255) cggACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTAt < 2:1060607/150‑1 (MQ=255) cggACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTAt > 2:5472746/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |